<div><div dir="auto">Hi Jose,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">This feels like a bug.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Any chance you can make a runnable example that triggers this error? Please use one of the sample datasets at <a href="http://yt-project.org/data">yt-project.org/data</a> or if that’s not possible one of your own datasets, which you can share with us using the yt curldrop (see <a href="http://docs.hub.yt">docs.hub.yt</a>).</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Once we have a way to reproduce the error, please go ahead and file an issue about this on yt’s github so we don’t lose track.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Nathan</div><br><div class="gmail_quote"><div>On Fri, Sep 22, 2017 at 8:32 AM José Mauricio Utreras <<a href="mailto:jutreras@ug.uchile.cl">jutreras@ug.uchile.cl</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hello yt users,<br><br>I have tried to save a clump dataset but I'm getting the following error:<div><br></div><div><b><i>Code:</i></b></div><div><b><i>...</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><div><b><i>find_clumps(master_clump, cmin, cmax, step)</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><b><i>fn=master_clump.save_as_dataset(fields=["cell_mass", "total","x","y","z","velocity_x","velocity_y","velocity_z"])</i></b></div><div><b><i>print(fn)</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><b><i>...</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><b><i>Error</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><div><b><i>yt : [INFO     ] 2017-09-22 10:34:12,164 Saving field data to yt dataset: G-0001_clump_0.h5.</i></b></div><div><b><i>Traceback (most recent call last):</i></b></div><div><b><i>  File "Save_Clumps.py", line 43, in <module></i></b></div><div><b><i>    master_clump.save_as_dataset(fields=["cell_mass", "total","x","y","z","velocity_x","velocity_y","velocity_z"])</i></b></div><div><b><i>  File "/home/jutreras/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py", line 365, in save_as_dataset</i></b></div><div><b><i>    extra_attrs=extra_attrs)</i></b></div><div><b><i>  File "/home/jutreras/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/yt/frontends/ytdata/utilities.py", line 149, in save_as_dataset</i></b></div><div><b><i>    _yt_array_hdf5(fh[field_type], field_name, data[field])</i></b></div><div><b><i>  File "/home/jutreras/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/yt/frontends/ytdata/utilities.py", line 208, in _yt_array_hdf5</i></b></div><div><b><i>    dataset = fh.create_dataset(str(field), data=data)</i></b></div><div><b><i>  File "/home/jutreras/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 111, in create_dataset</i></b></div><div><b><i>    self[name] = dset</i></b></div><div><b><i>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/home/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1496889914775/work/h5py/_objects.c:2846)</i></b></div><div><b><i>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/home/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1496889914775/work/h5py/_objects.c:2804)</i></b></div><div><b><i>  File "/home/jutreras/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 276, in __setitem__</i></b></div><div><b><i>    h5o.link(<a href="http://obj.id" target="_blank">obj.id</a>, <a href="http://self.id" target="_blank">self.id</a>, name, lcpl=lcpl, lapl=self._lapl)</i></b></div><div><b><i>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/home/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1496889914775/work/h5py/_objects.c:2846)</i></b></div><div><b><i>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/home/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1496889914775/work/h5py/_objects.c:2804)</i></b></div><div><b><i>  File "h5py/h5o.pyx", line 202, in h5py.h5o.link (/home/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1496889914775/work/h5py/h5o.c:3901)</i></b></div><div><b><i>RuntimeError: Unable to create link (Name already exists)</i></b></div></div><div><br>A file G-0001_clump_0.h5 is created but when I try to load the data I get another error</div></div><div><br></div><div><div><b><i>----> 1 ds_clumps = yt.load('CLUMPS/G-0001_clump_0.h5')</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><b><i>~/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/yt/convenience.py in load(*args, **kwargs)</i></b></div><div><b><i>     96                 return output_type_registry[n](fn)</i></b></div><div><b><i>     97         mylog.error("Couldn't figure out output type for %s", args[0])</i></b></div><div><b><i>---> 98         raise YTOutputNotIdentified(args, kwargs)</i></b></div><div><b><i>     99 </i></b></div><div><b><i>    100     mylog.error("Multiple output type candidates for %s:", args[0])</i></b></div><div><b><i><br></i></b></div><div><i style="font-weight:bold">YTOutputNotIdentified: Supplied ('CLUMPS/G-0001_clump_0.h5',) {}, but could not load!</i><br><br><br>Cheers!<br><br>José Utreras</div></div></div>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div></div>