<div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote>Hello,<br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><br>I have a request for help. <div><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote>I am trying to run some analysis code remotely through ssh in yt on NASA Pleiades. I have been able to install yt and trident and am running in a virtualenv, but something is having a very deeply buried error that I don't understand and fatally kills any task I send to Pleiades.<div><br></div><div>The same code works fine on my home laptop with the same input files, so I assume the problem is something to do with the yt distribution on Pleiades, but I used "pip install -U yt" so it should be up-to-date. The error code comes from the fortran_utils file, and it says "<span style="font-family:monospace,monospace">unpack requires a string argument of length 4"</span><br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><font face="monospace, monospace"><br></font><font face="monospace, monospace">(myenv) cstrawn@pfe27:~/quasarlines/quasarlines> python quasar_scan.py VELA_v2_08 10MpcBox_csf512_a0.330.d "[H I,H II,O IV,O V,O VI,Si II,Si III,Si IV,C I,C II,C III,C IV,Mg II,Mg III,Mg IV]"<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,454 discovered particle_data:/home1/cstrawn/quasarlines/quasarlines/PMcrs0a0.330.DAT<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,454 discovered particle_header:/home1/cstrawn/quasarlines/quasarlines/PMcrda0.330.DAT<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,462 Using root level of 14<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,463 Discovered 7 species of particles<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,463 Particle populations:  28016640   4263936    752640    123904     19552   2089406    85309<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,658 Max level is 12<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,682 Parameters: current_time              = 3.350407555 Gyr<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,682 Parameters: domain_dimensions         = [128 128 128]<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,683 Parameters: domain_left_edge          = [ 0.  0.  0.]<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,683 Parameters: domain_right_edge         = [ 1.  1.  1.]<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,683 Parameters: cosmological_simulation   = True<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,683 Parameters: current_redshift          = 2.02694081565<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,683 Parameters: omega_lambda              = 0.730000019073<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,684 Parameters: omega_matter              = 0.270000010729<br></font><font face="monospace, monospace">yt : [INFO     ] 2017-07-25 12:11:26,684 Parameters: hubble_constant           = 0.699999988079<br></font><font face="monospace, monospace">18426 LOSs to scan.<br></font><font face="monospace, monospace">Is this an appropriate number? (0 for no)</font><font face="monospace, monospace"><br></font><font face="monospace, monospace">1<br></font><font face="monospace, monospace">1/18426<br></font><font face="monospace, monospace">Traceback (most recent call last):<br></font><font face="monospace, monospace">  File "quasar_scan.py", line 375, in <module><br></font><font face="monospace, monospace">    q.get_coldens(save = 10)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "quasar_scan.py", line 148, in get_coldens<br></font><font face="monospace, monospace">    ftype='gas')<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/trident/ray_generator.py", line 239, in make_simple_ray<br></font><font face="monospace, monospace">    particle_type = _determine_particle_type_from_ftype(ds, ftype)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/trident/ray_generator.py", line 590, in _determine_particle_type_from_ftype<br></font><font face="monospace, monospace">    field_list_arr = np.asarray(ds.derived_field_list)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/data_objects/static_output.py", line 164, in ireq<br></font><font face="monospace, monospace">    self.index<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/data_objects/static_output.py", line 419, in index<br></font><font face="monospace, monospace">    self, dataset_type=self.dataset_type)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/frontends/art/data_structures.py", line 65, in __init__<br></font><font face="monospace, monospace">    super(ARTIndex, self).__init__(ds, dataset_type)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/geometry/geometry_handler.py", line 50, in __init__<br></font><font face="monospace, monospace">    self._setup_geometry()<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/geometry/oct_geometry_handler.py", line 25, in _setup_geometry<br></font><font face="monospace, monospace">    self._initialize_oct_handler()<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/frontends/art/data_structures.py", line 91, in _initialize_oct_handler<br></font><font face="monospace, monospace">    self.domains]<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/frontends/art/data_structures.py", line 761, in level_count<br></font><font face="monospace, monospace">    self.level_offsets<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/frontends/art/data_structures.py", line 782, in level_offsets<br></font><font face="monospace, monospace">    self.ds.min_level, self.ds.max_level)<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/frontends/art/data_structures.py", line 820, in _count_art_octs<br></font><font face="monospace, monospace">    ns = fpu.peek_record_size(f, endian='>')<br></font><font face="monospace, monospace">  File "/u/cstrawn/myenv/lib/python2.7/site-packages/yt/utilities/fortran_utils.py", line 250, in peek_record_size<br></font><font face="monospace, monospace">    s = struct.unpack('>i', f.read(struct.calcsize('>i')))<br></font><span style="font-family:monospace,monospace">struct.error: unpack requires a string argument of length 4<br><br><br></span></blockquote><div>Please let me know if this is a known problem or if you have any idea what I should do to avoid running into it. I don't really understand fortran enough to know what is even supposed to be happening in fortran_utils.</div><div><br></div>Thanks so much,</div><div>Clayton Strawn<br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote></blockquote><span style="font-family:monospace,monospace"><br></span></div></div></div>