<div dir="ltr">Hi yt-users,<div><br></div>I was able to get the arbitrary grid working by updating yt to the newest version. I am quite confused, however, by the output. If I extract my arbitrary grid:<br><br><div><font face="monospace, monospace">obj = ds.arbitrary_grid(left_edge, right_edge, dims=[256, 256, 256])</font><div><br></div><div>and extract the desired fields:<br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">temp = obj["temperature"]<br>HIdens = obj["HI_Density"]</font></div><div><br></div>(which all works successfully), I then want to write this to a file and would expect that such a file would have 256^3 = 16777216 lines, but I not only don't get this number of lines for my outputs, I even get different number of lines for different fields. <a href="https://pastebin.com/REcRd2u0">Here is the part of my code</a> that writes the file. Ideas? Thanks in advance.<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Carla</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-07-12 12:35 GMT+02:00 Carla Bernhardt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carla.j.bernhardt@gmail.com" target="_blank">carla.j.bernhardt@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matthew,<div><br></div>Thank you for your reply. I was using yt Version 3.2.3 and am working out some installation issues on our server with version 3.3.5. As for the type of data, I have an enzo simulation with static nested grids as well as up to 6 levels AMR grids. I will have to get back to you once I get past the issues with the newest installation of yt.... Thanks for the initial pointers.<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Carla<div><div class="h5"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-07-11 14:15 GMT+02:00 Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Carla,<br>
<br>
Interesting.  It's possible, for the call to "temperature" (which<br>
raises NotImplementedError) that the version of yt you're on doesn't<br>
yet support mesh fields in arbitrary grids; that was added reasonably<br>
recently.  For the others, I'm not totally sure why it's breaking --<br>
which version of yt are you using, and what type of data?  It may just<br>
be that they aren't deposit fields.  In that case, try explicitly<br>
stating obj["gas","temperature"] or obj["gas","HI_Density"].  It may<br>
also be that the aliasing is getting in the way, in which case instead<br>
of "HI_Density" you might need to try "Hp0_density".<br>
<div><div class="m_-6333463015883114991m_3253054133441139957h5"><br>
On Tue, Jul 11, 2017 at 5:42 AM, Carla Bernhardt<br>
<<a href="mailto:carla.j.bernhardt@gmail.com" target="_blank">carla.j.bernhardt@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear yt-users,<br>
><br>
> I am trying to extract a unigrid data cube within a specific region and<br>
> specified dimensions, thus I am using arbitrary_grid(), however, beyond the<br>
> example given in the docs, my field extractions all fail. I would like to<br>
> extract temperature, HI_Density and HII_Density. Here is a snippet from my<br>
> code:<br>
><br>
> obj = ds.arbitrary_grid(left_edge, right_edge, dims=[256, 256, 256])<br>
> print(obj["deposit", "all_density"])<br>
> print(obj["temperature"])<br>
> print(obj["HI_Density"])<br>
><br>
> The line print(obj["deposit", "all_density"]) works, but the two lines after<br>
> both fail. Here is the traceback from the temperature, and I even tried out<br>
> deposited temperature and deposited HI_Density. Am I formatting this<br>
> incorrectly, or is there a different way to extract the fields?<br>
><br>
> Kind regards,<br>
> Carla Bernhardt<br>
> PhD Student<br>
> ZAH Institut für Theoretische Astrophysik<br>
> Universität Heidelberg<br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr>rg</a><br>
><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr>rg</a><br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>