<div dir="ltr">Hi Kalina,<div><div><br></div><div>We have a way of generating ghost zones using internal APIs that you may be able to use.</div></div><div><br></div><div>What sort of ghost zone information do you need? Something like for a given grid patch, you want to be able to compute a field in the grid and some ghost zones surrounding the grid?</div><div><br></div><div>If so, something like this should work:</div><div><br></div><div>    import yt</div><div><br></div><div>    # available for download at <a href="http://yt-project.org/data">yt-project.org/data</a></div><div>    ds = yt.load('IsolatedGalaxy/galaxy0030/galaxy0030')</div><div><br></div><div>    # grab a grid object, ds.index.grids is a python list containing </div><div>    # references to all of the grids in the simulation</div><div>    grid = ds.index.grids[0]<br></div><div><br></div><div>    gz_grid = grid.retrieve_ghost_zones(3, 'density')<br></div><div><br></div><div>    print(gz_grid['density'].shape)<br></div><div><br></div><div>    print(grid['density'].shape)<br></div><div><br></div><div>This should print "(38, 38, 38)" and "(32, 32, 32)".</div><div><br></div><div>Note that this will only work for patch AMR data (e.g. FLASH, Enzo, Boxlib, etc). Also note that the retrieve_ghost_zones function takes a "smoothed" keyword argument, which if set to True will use interpolation to estimate field values and if set to False (the default) will use nearest neighbor sampling.</div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 3, 2017 at 11:50 AM, Kalina Borkiewicz <span dir="ltr"><<a href="mailto:kalina@illinois.edu" target="_blank">kalina@illinois.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I see in the yt 3.3 change log that "ghost zone generation" is a thing, but I can't seem to find anything else about this.<br>
<br>
I would like to generate ghost zones for FLASH data. I tried retrieve_ghost_zones() but that gives an error, and I can't find any other ghost zone-related functions. Could I get some advice?<br>
<br>
Thanks,<br>
Kalina<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.<wbr>org</a><br>
</blockquote></div><br></div>