<div dir="ltr">While we fix this issue (which will hopefully be soon), here is a workaround. I've modified your script to disable antialiasing:<div><br></div><div><div>import yt</div><div><br></div><div>ds = yt.load("lasslab_hdf5_plt_cnt_0000.hdf5")</div><div>plot = yt.SlicePlot(ds, 'z', "dens")</div><div>plot.frb.antialias = 0</div><div>plot.save()</div></div><div><br></div><div>That will avoid the artifacts until we fix this issue.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 2, 2017 at 4:35 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">First, thanks for the report and for sending in the dataset to reproduce with. I've opened an issue to track this:<div><br></div><div><a href="https://github.com/yt-project/yt/issues/1361" target="_blank">https://github.com/yt-project/<wbr>yt/issues/1361</a><br></div><div><br></div><div>I suspect that we're hitting a corner case bug in the code that generates pixelized representations of AMR data. I will try to take a closer look at this in the next few days.</div><div><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 2, 2017 at 4:17 PM, Gabriel RIGON <span dir="ltr"><<a href="mailto:rigon.g@bureau.luli.polytechnique.fr" target="_blank">rigon.g@bureau.luli.<wbr>polytechnique.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">I've uploaded the dataset: <a href="http://use.yt/upload/364c7039" target="_blank">http://use.yt/upload/364c7039</a><br>
<br>
Gabriel<br>
<br>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div id="m_-2868461082085326595m_7639000532178538693divRpF17553" style="direction:ltr"><font size="2" face="Tahoma" color="#000000"><b>De :</b> yt-users [<a href="mailto:yt-users-bounces@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users-bounces@lists.spacep<wbr>ope.org</a>] de la part de Nathan Goldbaum [<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>]<br>
<b>Envoyé :</b> mardi 2 mai 2017 23:09<br>
<b>À :</b> Discussion of the yt analysis package<br>
<b>Objet :</b> Re: [yt-users] [YT-USERS] Incoherence when ploting a slice - from FLASH simulation<br>
</font><br>
</div><div><div class="m_-2868461082085326595h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Could one of you share a dataset that exhibits this behavior?
<div><br>
</div>
<div>You can use the yt curldrop to share datasets:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://docs.hub.yt/services.html#curldrop" target="_blank">https://docs.hub.yt/services.h<wbr>tml#curldrop</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>-Nathan</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, May 2, 2017 at 4:02 PM, Scott Feister <span dir="ltr">
<<a href="mailto:sfeister@gmail.com" target="_blank">sfeister@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>
<div>Gabriel,<br>
<br>
</div>
I would like to add that I have seen this problem as well in my own usage of FLASH with yt. The streaks appear to be perfectly doubled in value relative to their neighbors. I would love to hear if anyone in the yt community has seen it and/or knows what might
 be going on! Note: These streaks are not in the FLASH data; VisIt reproduces the data without the streaks. Also, a yt ray output does not show the streaks; the slice plot does.<br>
<br>
</div>
<div>Best,<br>
<br>
</div>
Scott<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="m_-2868461082085326595m_7639000532178538693m_5249983820514861179gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr"><br>
Scott Feister, Ph.D.<br>
Postdoctoral Researcher, Flash Center for Computational Science<br>
</div>
<div>University of Chicago, Department of Astronomy and Astrophysics<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div class="m_-2868461082085326595m_7639000532178538693h5">On Tue, May 2, 2017 at 3:43 PM, Gabriel RIGON <span dir="ltr"><<a href="mailto:rigon.g@bureau.luli.polytechnique.fr" target="_blank">rigon.g@bureau.luli.polytechn<wbr>ique.fr</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div class="m_-2868461082085326595m_7639000532178538693h5">
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Dear all,<br>
<br>
I recently start to work with yt to analyze my FLASH simulation. The output of those simulation is an hdf5 file.<br>
<br>
When I try to plot a slice of my simulation, some weird lines appear on it. Here is an example of the python script and the results it leads to.<br>
<br>
"""<br>
import yt<br>
<br>
ds = yt.load("lasslab_hdf5_plt_cnt_<wbr>0000.hdf5")<br>
yt.SlicePlot(ds, 'z', "dens").show()<br>
<br>
<p><img src="cid:972219b9-edbb-4265-81cf-9a07e61cf360" style="width:560px;height:444.903px"></p>
"""<br>
<br>
Actually they also appear went plotting the results of a frb of a slice (even when I try to plot the x or y coordinate in 2d).<br>
<br>
Do you have any idea of the reason for such lines, or a solution for my problem?<br>
<br>
Best regards,<br>
Gabriel Rigon<br>
<br>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr>rg</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr>rg</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/lis<wbr>tinfo.cgi/yt-users-spacepope.<wbr>org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>