<div dir="ltr">In yt-3, the H_number_density field should be the neutral hydrogen number density (The ionized hydrogen is given in H_p1_number_density). Although I haven't worked with yt-2.7 recently, it looks like the H_NumberDensity field there is giving you the overall hydrogen number density. The two plots you've attached seem consistent with that. A quick way to check this would be to divide your H_number_density field by H_fraction and see if you get numbers that match up.<div>     - Josh</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 3, 2017 at 1:44 PM, Lauren Corlies <span dir="ltr"><<a href="mailto:laurennc009@gmail.com" target="_blank">laurennc009@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I've been a yt user for a while now but have recently noticed something concerning. A few months ago, I made the switch to yt3 and am currently using the new yt 3.3.4</div><div><br></div><div>I've been working with recently generated, cosmological zoom in simulations and I've generated a basic yt ray object.  When I plot the hydrogen number density along the ray, the values that it's generating are un-physically low (<a href="http://i.imgur.com/1C1oAVr.png" target="_blank">seen here</a>).  </div><div><br></div><div>It's especially concerning because when I use the old yt2 installation:</div><div><font face="verdana, sans-serif">Version = 2.7-dev</font></div><div><font face="verdana, sans-serif">Changeset = 1f9ca06815d0</font></div><div><br></div><div>and generate a yt ray object with the exact same trajectory, the hydrogen number density values are much more sensible (<a href="http://i.imgur.com/tcDcNd8.png" target="_blank">seen here</a>). The rays in both yt versions have mostly the same shape but there are some strong features in the yt2 version than in the yt3 one. </div><div><br></div><div>The discrepancy is specifically with this field and not other intrinsic fields like temperature or regular density (also attached).  </div><div><br></div><div>Am I accessing the field incorrectly and there's a better way to get these values with the new version of yt? Or is there something deeper happening? The hydrogen number density is particularly important for the ion densities and emission that I've been interested in.</div><div><br></div><div>All of the plots and the <a href="http://paste.yt-project.org/show/7066/" target="_blank">script</a> to generate them are attached and posted online as described on the docs page, tagged with my last name with links included as an attachment.</div><div><br></div><div>Thanks for the help,<br>Lauren Corlies</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-users-<wbr>spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>