<div dir="ltr">Hi Andreas,<div><br></div><div>I think all this can be done very cleanly using yt's halo analysis toolkit.  I'd be happy to help you with this.</div><div><br></div><div>Documentation for the halo analysis, also called the HaloCatalog, is here:</div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/analysis_modules/halo_catalogs.html#halo-catalog-analysis">http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/analysis_modules/halo_catalogs.html#halo-catalog-analysis</a><br></div><div><br></div><div>The HaloCatalog works with the simulation snapshot and the halo finder output in tandem to run a pipeline of analysis that you define.  yt comes with a number of functions out of the box for doing profiling, etc, including scaling of profiles to r_vir.</div><div><br></div><div>Before that, you will need to convert your halo finder output into a form that yt can read in using yt.load.  This should be relatively straightforward.  I've sketched out how to do this here:</div><div><a href="http://paste.yt-project.org/show/7061/">http://paste.yt-project.org/show/7061/</a><br></div><div>The code snippet there assumes some of the variables you've got in the script you posted.</div><div><br></div><div>There may be some hiccups still, but I'm happy to work with you to get it going.  Once that works, you should be able to use the HaloCatalog as documented to do the rest, but feel free to ask any other questions you might have.</div><div><br></div><div>Britton</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 1, 2017 at 5:16 AM, Thor Andreas Seiff Ellewsen <span dir="ltr"><<a href="mailto:tellewsen@gmail.com" target="_blank">tellewsen@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Hi everyone.<br><br></div>I'm currently working on making temperature and density profiles from some ramses simulations.<br></div><div>I'd like to make these profiles the average radial profile of the halos in the simulation.<br><br></div><div>I think the included rockstar in yt supports this in some form, but my halo catalog is made using AHF and then imported from an ascii file.<br></div><div><br></div><div>To do this I need help with two things:<br></div><div>The first one is how to scale the radius of each profile to the corresponding virial radius.<br></div><div>The other is how to actually average all these profiles.<br><br>Is this something that can be done?<br><br></div><div>I will be trying to compare the resulting profile with the same for different simulations in the end, but I don't expect to have any big problems with that.<br><br></div><div>The code I'm currently using for this can be found at <br><a href="http://paste.yt-project.org/show/7058/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/<wbr>show/7058/</a><br></div><div><br></div><div>Best,<br></div><div>Andreas Ellewsen<br></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-users-<wbr>spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>