<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 23, 2017 at 4:02 AM, Reju Sam John <span dir="ltr"><<a href="mailto:rejusamjohn@gmail.com" target="_blank">rejusamjohn@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear All,<div><br></div><div>I am trying to create a HaloCatalog with the following code.</div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff"><br clear="all"></font><div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">import yt</font></div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">from yt.analysis_modules.halo_<wbr>analysis.api import HaloCatalog</font></div></div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">data_ds = yt.load('../RD0057/<wbr>RedshiftOutput0057')<br></font></div><div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">hc = HaloCatalog(data_ds=data_ds, finder_method='hop', finder_kwargs={"threshold": 500.0, "dm_only": False, "ptype": "all", "padding": 0.02})</font></div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">hc.add_filter("quantity_value"<wbr>, "particle_mass", ">", 5e12, "Msun")</font></div><div><font face="monospace, monospace" color="#ff00ff">hc.create()</font></div></div><div><br></div><div>With this, I am able to create the catalog. But when we are trying to load it, I am unable to get almost all fields. Here i am copying the error message. </div><div><br></div><div><div> <font face="monospace, monospace">File "tra_flux_on_earth.py", line 161, in <module></font></div><div><font face="monospace, monospace">    hc = HaloCatalog(halos_ds=halos)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>analysis_modules/halo_<wbr>analysis/halo_catalog.py", line 126, in __init__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    halos_ds.index</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>data_objects/static_output.py"<wbr>, line 424, in index</font></div><div><font face="monospace, monospace">    self.create_field_info()</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>data_objects/static_output.py"<wbr>, line 481, in create_field_info</font></div><div><font face="monospace, monospace">    self.field_info.load_all_<wbr>plugins()</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_info_container.<wbr>py", line 279, in load_all_plugins</font></div><div><font face="monospace, monospace">    self.find_dependencies(loaded)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_info_container.<wbr>py", line 292, in find_dependencies</font></div><div><font face="monospace, monospace">    deps, unavailable = self.check_derived_fields(<wbr>loaded)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_info_container.<wbr>py", line 362, in check_derived_fields</font></div><div><font face="monospace, monospace">    fd = fi.get_dependencies(ds = self.ds)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/derived_field.py", line 178, in get_dependencies</font></div><div><font face="monospace, monospace">    e[<a href="http://self.name" target="_blank">self.name</a>]</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_detector.py", line 99, in __missing__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    vv = finfo(self)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/derived_field.py", line 204, in __call__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    dd = self._function(self, data)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "tra_flux_on_earth.py", line 72, in _fact</font></div><div><font face="monospace, monospace">    tempo = Obs_freq/(1.6e6*data["<wbr>MagField"]/for_mag)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_detector.py", line 99, in __missing__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    vv = finfo(self)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/derived_field.py", line 204, in __call__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    dd = self._function(self, data)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "tra_flux_on_earth.py", line 36, in _magfeed</font></div><div><font face="monospace, monospace">    mag = (0.05*4.0*pie*data["density"]*<wbr>(data["TurbVel"]**2))**0.5</font></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>The problematic line is here, in your script. You've defined a derived field but that derived field cannot be calculated for the halo catalog dataset. If you created this field using yt.add_field, then I think the solution is to create it using ds.add_field, but only for the dataset instance where this field makes sense to use.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>fields/field_detector.py", line 89, in __missing__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    finfo = self.ds._get_field_info(*<wbr>field)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/anaconda3/lib/<wbr>python3.6/site-packages/yt/<wbr>data_objects/static_output.py"<wbr>, line 666, in _get_field_info</font></div><div><font face="monospace, monospace">    raise YTFieldNotFound((ftype, fname), self)</font></div><div><font face="monospace, monospace">yt.utilities.exceptions.<wbr>YTFieldNotFound: Could not find field '('all', 'density')' in catalog.0.h5.</font></div></div><div><br></div><div><br></div><div>What could be the problem?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>   <br></div>-- <br><div class="m_7982120193208649507gmail_signature"><div dir="ltr">Reju Sam John</div></div>
</font></span></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-users-<wbr>spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>