<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Hi, <br></div>I am just starting to learn the SPH simulation code Gadget2, I followed this tutorial <a href="https://astrobites.org/2011/04/02/installing-and-running-gadget-2/">https://astrobites.org/2011/04/02/installing-and-running-gadget-2/</a> and succesfully ran the simulation and got some output files.<br></div>However, I needed to comment out the -DHAVE HDF5 to avoid compilation error and now I have no good way to visualize my output. I srated with SPLASH but still trying to figure out how to deal with some error there.<br><br></div>I figured out yt has analysis tool for Gadget outputs and I would very much love to try yt. I would very appreciate if anyone tells me how to get Gadget output in HDF5 formate. <br></div>I am using ubuntu 16.04LTS. I need to know how to install HDF5 or necessary package in my machine to get the HDF5 output first. laso If you tell me a little how to change the Gadget Makefile for that, that would be very nice. I am quoting some excerpt from my Makefile.<br><br><br>#--------------------------------------- Output <br>OPT   +=  -DHAVE_HDF5  <br>#OPT   +=  -DOUTPUTPOTENTIAL<br>#OPT   +=  -DOUTPUTACCELERATION<br>#OPT   +=  -DOUTPUTCHANGEOFENTROPY<br>#OPT   +=  -DOUTPUTTIMESTEP<br><br>#----------------------------------------------------------------------<br># Here, select compile environment for the target machine. This may need <br># adjustment, depending on your local system. Follow the examples to add<br># additional target platforms, and to get things properly compiled.<br>#----------------------------------------------------------------------<br><br>#--------------------------------------- Select some defaults<br><br>CC       =  mpicc               # sets the C-compiler<br>OPTIMIZE =  -O2 -Wall -g        # sets optimization and warning flags<br>MPICHLIB =  -lmpich<br><br><br>#--------------------------------------- Select target computer<br><br>SYSTYPE="trina"<br>#SYSTYPE="Mako"<br>#SYSTYPE="Regatta"<br>#SYSTYPE="RZG_LinuxCluster"<br>#SYSTYPE="RZG_LinuxCluster-gcc"<br>#SYSTYPE="OpteronMPA"<br>#SYSTYPE="OPA-Cluster32"<br>#SYSTYPE="OPA-Cluster64"<br><br><br>#--------------------------------------- Adjust settings for target computer<br><br>ifeq ($(SYSTYPE),"trina")<br>CC       =  mpicc   <br>OPTIMIZE =  -O3 -Wall<br>GSL_INCL = -I/usr/local/include<br>GSL_LIBS = -L/usr/local/lib<br>FFTW_INCL= -I/usr/local/include<br>FFTW_LIBS= -L/usr/local/lib<br>MPICHLIB = -L/usr/lib<br>endif<br><br><br></div>and sorry for spaming the yt list with Gadget2 stuff.<br></div>thanks<br></div>Turhan<br><div><div><div><br></div></div></div></div>