<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 26, 2016 at 2:51 PM, Reju Sam John <span dir="ltr"><<a href="mailto:rejusamjohn@gmail.com" target="_blank">rejusamjohn@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I am trying to run Rockstar Halo Finding with the following code.</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">from yt.mods import *</font><div><font face="monospace, monospace">from yt.analysis_modules.halo_<wbr>finding.rockstar.api import RockstarHaloFinder</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">#find all of our simulation files</font></div><div><font face="monospace, monospace">files = glob.glob("RD*/*hierarchy")</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">#hopefully the file name order is chronological</font></div><div><font face="monospace, monospace">files.sort()</font></div><div><font face="monospace, monospace">print files</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">ts = TimeSeriesData.from_filenames(<wbr>files[:])</font></div><div><font face="monospace, monospace">rh = RockstarHaloFinder(ts)</font></div><div><font face="monospace, monospace">rh.run()</font></div><div><br></div><div>but I am getting the following error. <br><div> <font face="monospace, monospace">File "rockstar_halo_finding.py", line 14, in <module></font></div><div><font face="monospace, monospace">    rh = RockstarHaloFinder(ts)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/yt_new/yt-x86_64/<wbr>src/yt-hg/yt/analysis_modules/<wbr>halo_finding/rockstar/<wbr>rockstar.py", line 220, in __init__</font></div><div><font face="monospace, monospace">    self.pool, self.workgroup = self.runner.setup_pool()</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/yt_new/yt-x86_64/<wbr>src/yt-hg/yt/analysis_modules/<wbr>halo_finding/rockstar/<wbr>rockstar.py", line 102, in setup_pool</font></div><div><font face="monospace, monospace">    (self.num_writers, "writers") ]</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/yt_new/yt-x86_64/<wbr>src/yt-hg/yt/utilities/<wbr>parallel_tools/parallel_<wbr>analysis_interface.py", line 325, in from_sizes</font></div><div><font face="monospace, monospace">    pool.add_workgroup(size, name = name)</font></div><div><font face="monospace, monospace">  File "/home/john/yt_new/yt-x86_64/<wbr>src/yt-hg/yt/utilities/<wbr>parallel_tools/parallel_<wbr>analysis_interface.py", line 293, in add_workgroup</font></div><div><font face="monospace, monospace">    group = self.comm.comm.Get_group().<wbr>Incl(ranks)</font></div><div><font face="monospace, monospace">AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'Get_group'</font></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">could you please explain what is going wrong here ?</font></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Rockstar has to be run in parallel. There is an example, in the docstrings for RockstarHaloFinder:</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/reference/api/generated/yt.analysis_modules.halo_finding.rockstar.rockstar.RockstarHaloFinder.html">http://yt-project.org/docs/dev/reference/api/generated/yt.analysis_modules.halo_finding.rockstar.rockstar.RockstarHaloFinder.html</a><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you. </font></div><span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><div>-- <br></div><div class="gmail-m_5608212605573333312gmail_signature"><div dir="ltr">Reju Sam John</div></div>
</font></span></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-users-<wbr>spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>