<div dir="ltr">Hi Carla,<div><br></div><div>I think your best option right now is to use the Rockstar halo finder along with the consistent-trees code.  For the halo finding, you will need to run rockstar on a time-series as rockstar will do the descendent/ancestor linking at the same time.  Here is a script to help you do that:</div><div><a href="http://paste.yt-project.org/show/6810/">http://paste.yt-project.org/show/6810/</a><br></div><div><br></div><div>You can get the consistent trees code here:</div><div><a href="https://bitbucket.org/pbehroozi/consistent-trees">https://bitbucket.org/pbehroozi/consistent-trees</a><br></div><div>The instructions there will tell you how to use it.</div><div><br></div><div>Consistent-trees will generate a large ascii file with the merger tree information.  Reading that in can be a pain, but I have been working on a code that can read these files and create a data structure that is pretty easy to work with.  I am still polishing it up and adding documentation, but this portion of it is complete.  I would prefer to wait until it is totally done to release it to the world, but I will gladly share it with you with a couple sample scripts to get you going.  If you're interested, please contact me off-list and I would be glad to set you up.</div><div><br></div><div>Britton</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 9, 2016 at 3:46 PM, Carla Bernhardt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carla.j.bernhardt@gmail.com" target="_blank">carla.j.bernhardt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear YT group,<div><br></div><div>I need to create halo merger trees from enzo outputs, but found that this functionality was <a href="http://yt-project.org/doc/analyzing/analysis_modules/halo_merger_tree.html" target="_blank">removed starting at yt 3.0</a>. I tried using yt version 2.6.1 (not my ideal solution), but using <a href="http://pastebin.com/EZRfb5kG" target="_blank">a simple script</a>, I still got <a href="http://pastebin.com/kYmLGepN" target="_blank">an I/O error</a> in writing a database for halos.</div><div><br></div><div>I expect this functionality will be added soon as it is very needed, but in the mean time, how can I produce halo merger trees from enzo output with yt 3.3.1?</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Carla Bernhardt</div><div>PhD Student</div><div>Universität Heidelberg</div><div>ZAH Institut für Theoretische Astrophyik</div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-users-<wbr>spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>