
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">We can add in a particle_file keyword argument like we do for FLASH data. <div class=""><br class=""></div><div class="">I can help out with this, but I might not be able to get to it until early next week. </div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Aug 11, 2016, at 12:11 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" class="">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><div class="gmail_extra"><br class="Apple-interchange-newline"><br class=""><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 11, 2016 at 11:03 AM, Chang-Goo Kim<span class="Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:cgkim@astro.princeton.edu" target="_blank" class="">cgkim@astro.princeton.edu</a>></span><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class="">Hi Nathan,<br class=""><br class=""></div>Thanks for the reply. Adding particles to the athena frontend will not be easy since there is no unified (and well settled) data dump for particles. Star particles are not in the public release. Let me find other ways at this point.<br class=""><br class=""></div></div></blockquote><div class=""><br class=""></div><div class="">Ah, in that case we should probably add a way for you to supply your own particle data. You won't get chunked particle IO but if that's sufficient it should probably be straightforward to load the data in as a keyword argument for the load() command.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">John might have some insight on what's best to do here, he's the maintainer of the athena frontend.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">-Nathan</div><div class=""> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr" class=""><div class=""></div><div class="">Thanks,<br class=""></div>Chang-Goo<br class=""><div class=""><br class=""></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 11, 2016 at 11:35 AM, Nathan Goldbaum<span class="Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank" class="">nathan12343@gmail.com</a>></span><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr" class="">I think we'd need to add support for reading particle data to the athena frontend. I think the main reason this hasn't been done yet is lack of available test datasets. If you'd like to make one or more test datasets available to us (they will live on<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://yt-project.org/data" target="_blank" class="">yt-project.org/data</a><span class="Apple-converted-space"> </span>so we can use them for testing and debugging going forward), someone could try to add support for reading particle data to the Athena frontend.<div class=""><br class=""></div><div class="">To answer your question, no, there isn't a way to add particle fields to an athena dataset without modifying the athena frontend.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">That said, you might be able to cheat and load in the particle fields using the stream frontend to reload your data as an in-memory dataset - in particular load_uniform_grid or load_amr_grids. Of course this is sort of a hack, ideally we'd just add particle support to the athena frontend.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">-Nathan<span class=""><font color="#888888" class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">-Nathan</div></font></span></div></div><div class=""><div class=""><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 11, 2016 at 10:32 AM, Chang-Goo Kim<span class="Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:cgkim@astro.princeton.edu" target="_blank" class="">cgkim@astro.princeton.edu</a>></span><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class="">Sorry for confusion.<br class=""><br class=""></div>I have a separate vtk file for star particles. Just wonder whether I can add this to original dataset as fields to handle them together.<br class=""><br class=""></div><div class="">Thanks,<br class=""></div>Chang-Goo<br class=""></div><div class=""><div class=""><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 10, 2016 at 3:19 PM, John Zuhone<span class="Apple-converted-space"> </span><span dir="ltr" class=""><<a href="mailto:jzuhone@gmail.com" target="_blank" class="">jzuhone@gmail.com</a>></span><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex;">Hi Chang-Goo,<br class=""><span class=""><br class="">> When I load the dataset from Athena and I have star particle mass, position, velocity, age information separately,<br class=""><br class=""></span>Sorry, I’m a bit confused as to what you mean by this, because as far as I know we don’t have particle support for Athena data yet. Do you actually see the particle data when you load the dataset? Also, is this the old Athena or Athena++?<br class=""><span class=""><br class="">> how can I add particle information to yt dataset.<br class=""><br class=""></span>I think by this you mean getting the particle fields into yt, correct? Just making sure.<br class=""><br class="">Is the data part of the Athena file itself or is it in a separate file?<br class=""><br class="">Best,<br class=""><br class="">John<br class=""><div class=""><div class=""><br class="">> On Aug 10, 2016, at 2:24 PM, Chang-Goo Kim <<a href="mailto:changgoo@princeton.edu" target="_blank" class="">changgoo@princeton.edu</a>> wrote:<br class="">><br class="">> Hi all,<br class="">><br class="">> I'm analysing data from Athena simulations with star particles. When I load the dataset from Athena and I have star particle mass, position, velocity, age information separately, how can I add particle information to yt dataset. I tried to look up the hep, but I cannot find any good reference for this issue.<br class="">><br class="">> Thanks,<br class="">> Chang-Goo<br class=""></div></div>> ______________________________<wbr class="">_________________<br class="">> yt-users mailing list<br class="">><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br class="">><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://lists.spacepope.org/lis<wbr class="">tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr class="">rg</a><br class=""><br class="">______________________________<wbr class="">_________________<br class="">yt-users mailing list<br class=""><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br class=""><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://lists.spacepope.org/lis<wbr class="">tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr class="">rg</a><br class=""></blockquote></div><br class=""></div></div></div><br class="">______________________________<wbr class="">_________________<br class="">yt-users mailing list<br class=""><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br class=""><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://lists.spacepope.org/lis<wbr class="">tinfo.cgi/yt-users-spacepope.o<wbr class="">rg</a><br class=""><br class=""></blockquote></div><br class=""></div></div></div><br class="">______________________________<wbr class="">_________________<br class="">yt-users mailing list<br class=""><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br class=""><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://lists.spacepope.org/lis<wbr class="">tinfo.cgi/yt-users-spacepope.<wbr class="">org</a><br class=""><br class=""></blockquote></div><br class=""></div></div></div><br class="">______________________________<wbr class="">_________________<br class="">yt-users mailing list<br class=""><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br class=""><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://lists.spacepope.org/<wbr class="">listinfo.cgi/yt-users-<wbr class="">spacepope.org</a><br class=""><br class=""></blockquote></div><br class=""></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">yt-users mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">yt-users@lists.spacepope.org</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>