<div dir="ltr">Hi Martín,<div><br></div><div>Someone else should be able to help you with your halo catalog-specific questions, but I can help you out with some of these issues.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 11, 2016 at 9:45 AM, Martín Mestre <span dir="ltr"><<a href="mailto:martinmestrec@gmail.com" target="_blank">martinmestrec@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear yt community,<br><br>a week ago I knew about this project and after reading a small part of the manual, the mission statement and the code of conduct I got encouraged to try to learn yt (and python). I would be very glad if I could use yt to study the structure of some disrupted satellites that I evolved with Gadget-2 (dark matter only). <br><br></div><div>I have installed yt and made a simple halo catalog but I am not sure if I have proceeded correctly. I have written some questions below. Thank you very much in advance for any answer or suggestion.  <br><br></div><div>Best regards from La Plata, Argentina,<br></div><div><br>Martín Mestre<br><br><br></div><div>----------------<br></div><div>INSTALLATION<br><br>The Host information is: Linux seminare 2.6.37.1-mosix #2 SMP Tue Apr 19 12:57:51 ART 2011 x86_64 GNU/Linux.<br></div><div>I installed yt 3.2.3 as a simple cluster user in my home directory with the installation script. I have run the script a second time setting the option: INST_ROCKSTAR=1.<br></div><div><br>The installation log is too large for the pastebin. I have only pasted<br>the lines with the words "error" and "Error" respectively in the links:<br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6657/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6657/</a> and<br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6658/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6658/</a> .<br></div><div><br>The first/last 400 lines of the log are here:<br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6659/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6659/</a> and<br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6660/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6660/</a> .<br><br></div><div>How could I proceed to eliminate these errors ?<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>We're getting ready to release yt 3.3, along with it a new version of the install script that is more robust. Can you delete your old yt installation and try re-running the version of the install script from yt's development branch:</div><div><br></div><div><a href="http://bitbucket.org/yt_analysis/yt/raw/yt/doc/install_script.sh">http://bitbucket.org/yt_analysis/yt/raw/yt/doc/install_script.sh</a><br></div><div><br></div><div>By default this will still install yt 3.2.3, but you can set INST_YT_SOURCE=1 to get the latest development version of yt. You will need to do this if you also want to install rockstar.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><br></div><div><br>-----------------------------------------------------------<br></div><div>LOADING GADGET-2 SNAPSHOT IN BINARY FORMAT<br></div><div>AND COMPUTATION OF HALO CATALOG<br></div><br><div>I have run the following scritp: <br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6661/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6661/</a><br></div><div>and the log files was:<br><a href="http://paste.yt-project.org/show/6662/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/6662/</a><br></div><div>I would like to know if everything looks right in the log file.<br></div><div><br>I wasn't able to upload the image file (36KB), saying:<br>ERROR HTTP Error 404: Not Found<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, imgur changed their APIs, this issue will be fixed in yt 3.3.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div></div><div><br>I will be willing to send it by email because I have<br>a question to do about the use of the halo finder. <br>It found 8 halos, one of them many orders of magnitude more<br> massive than the rest. This was expected because it identifies <br>the stream progenitor. The location of this halo is much closer <br>to the centre of mass of the whole ensemble than to the point <br>of maximum density (which I had previusly found through the <br>method of the "shrinking spheres"). <br>Is there any scale parameter of the halo finder that allows me <br>to identify halo centres as the points of local maxima of the <br>volumetric density ?<br>----------------------------------------------------------<br></div><div>----------------------------------------------------------<br><br><br></div><div><br></div><div><br><br>.....<br><br></div><div><br><br></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>