<div dir="ltr">Hi Stephanie,<div><br></div><div>It's very hard to say what's going wrong without more information.</div><div><br></div><div>Can you get a core dump or run python under gdb to get a stack trace at the place where the segmentation fault happens?</div><div><br></div><div>Can you run this on your laptop? If so, do you get a segmentation fault there?</div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 1, 2016 at 2:25 PM, Stephanie Tonnesen <span dir="ltr"><<a href="mailto:stonnes@gmail.com" target="_blank">stonnes@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi all,<br><br></div>I have the yt-conda installation of yt.  I am trying to create an absorption spectrum, so need the command "generate_total_fit".<br><br></div>yt told me I needed scipy for this to work.  yt does not have scipy.  So I typed:<br></div>>pip install scipy<br><br></div>scipy was installed.<br><br></div>However, then my submission script no longer worked at all and I was given the error:<br><br>/var/spool/torque/mom_priv/jobs/<a href="http://50052.mies.stanford.edu.SC" target="_blank">50052.mies.stanford.edu.SC</a>: line 26:  3750 Segmentation fault      python HI_absorbers.py<br><br></div><div>When I pip uninstall scipy, my code runs again!  <br></div><div>The only commands in my script are<br></div><div>source /home/stonnes/yt-conda/bin/activate<br></div><div>python HI_absorbers.py<br><br></div><div>Can anyone help me out with this?<br><br></div><div>Thanks!<br></div><div>Stephanie<br><br clear="all"></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><div><font face="garamond,serif">--<br>Dr. Stephanie Tonnesen<br></font></div><font face="garamond,serif">Alvin E. Nashman Postdoctoral Fellow<br></font></div><font face="garamond,serif">Carnegie Observatories, Pasadena, CA<br></font></div><font face="garamond,serif"><a href="mailto:stonnes@gmail.com" target="_blank">stonnes@gmail.com</a><br></font></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>