<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 15, 2016 at 1:42 PM, Yuan Li <span dir="ltr"><<a href="mailto:yuan@astro.columbia.edu" target="_blank">yuan@astro.columbia.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>I am having trouble installing/running the latest yt on Xsede Smic and Comet clusters. I used to have yt3 on both machines and they were working fine. Recently, after failing to update yt, I decided to delete the old one and install the latest version. I am using the unmodified file from <a href="http://bitbucket.org/yt_analysis/yt/raw/yt/doc/install_script.sh" target="_blank">http://bitbucket.org/yt_analysis/yt/raw/yt/doc/install_script.sh</a></div><div><br></div><div><br></div><div>Here are the problems I have:</div><div><b>On Smic</b></div><div>When I do "yt update" on the login node, or when I try to submit a yt job, I get this error message</div><div>...</div>ValueError: numpy.dtype has the wrong size, try recompiling<br><div><br></div><div>I have seen this error message before and fixed it somehow, but I do not remember how...</div></div></blockquote><div><br></div><div>Navigate to the checkout of the yt mercurial repository and do:</div><div><br></div><div>$ ./clean.sh</div><div>$ python setup.py develop</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div><div><b>On Comet</b></div><div>When I do "yt update", I get this error message:</div><div>...</div><div><div>YT site-packages not in path, so you must</div><div>update this installation manually by committing and</div><div>merging your modifications to the code before</div><div>updating to the newest changeset.</div></div><div><br></div><div>I manually set YT_DEST in my bash_profile, but that does not seem to help. I can however submit a yt job and it will run fine, but not in parallel. Before I reinstalled yt, I was able to run yt3 in parallel on Comet after loading mpi4py.<br></div><div><br></div><div><div>Also, when I do</div><div>"source ~/source/yt-conda/bin/activate" I get this error message:</div><div>Error: no environment provided.</div></div><div>and it seems that I do not even need to activate yt anymore (is it because I have "export PATH=/home/yuanli/source/yt-conda/bin:$PATH" in my bash_profile?). Maybe I missed something in the doc. I am very confused. </div></div></blockquote><div><br></div><div>It looks like you ran the install script with INST_YT_SOURCE=0 (the default). Try again with INST_YT_SOURCE=1. You will also likely need to do "pip install mpi4py" to get an mpi4py installation linked against comet's MPI libraries.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div><div>Thanks in advance!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Yuan</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>