<div dir="ltr">Hi Nathan,<div><br></div><div>   Here is a much smaller data file that you can try:</div><div><br></div><div><a href="https://drive.google.com/file/d/0ByTG4wYr-7aOdUxUR0dMWGZVQmM/view?usp=sharing">https://drive.google.com/file/d/0ByTG4wYr-7aOdUxUR0dMWGZVQmM/view?usp=sharing</a><br></div><div><br></div><div>Now the inner boundary is 28 and it is labeled as 0. </div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 19, 2016 at 3:07 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Yanfei,<div><br></div><div>John ZuHone gave me access to your dataset - I think the issue is that ds.domain_left_edge is [2, 0, 0], and that is confusing the code that generates the plot coordinates for spherical geometries.</div><div><br></div><div>I don't think this is an issue with the frontend, but a general issue with plotting data in spherical coordinates with an inner radial boundary.</div><div><br></div><div>I don't have any test datasets besides yours that look like this, and yours is pretty large, so it would be nice to have a smaller dataset to play with.</div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, May 19, 2016 at 10:59 AM, Jiang, Yanfei <span dir="ltr"><<a href="mailto:yanfei.jiang@cfa.harvard.edu" target="_blank">yanfei.jiang@cfa.harvard.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>   I am trying to make a slice plot with the new capability for spherical polar grid in Athena++ data John developed. The attached notebook.png shows what I am doing. I take a slice and the origin is set to "domain". The image.png is the image from the notebook. In the slice image, the empty space near the center corresponds to the inner radial boundary of the original spherical coordinate, which is 2 in this case. Therefore, I think the x stick where is 0 in the plot should be 2. Do you know any way to fix this?</div><div><br></div><div>Thanks. <span><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">Yan-Fei Jiang<div><br><div>Einstein Fellow</div><div>Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics</div><div>60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138</div><div></div></div></div></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Yan-Fei Jiang<div><br><div>Einstein Fellow</div><div>Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics</div><div>60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138</div><div></div></div></div></div>
</div>