You should try updating to the latest development version of yt --- yt 3.1 is a couple years old at this point and there have been a number of bugfixes since then. Let us know if updating doesn't fix your problem.<span></span><br><br>On Tuesday, May 3, 2016, John Regan <<a href="mailto:johnanthonyregan@gmail.com">johnanthonyregan@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi All, <br><br></div>I'm having trouble getting YT3.1 to read an active particle from an Enzo dataset. I can see the particle just fine with hdf5view so it appears to be there but YT is falling over when it tries to read the particle.<br><br><br></div><div>The error I get is:<br><br><br></div>Traceback (most recent call last):<br>  File "CompareFieldsInCore.py", line 138, in <module><br>    sphere = ds.h.sphere(centre, (10.0, 'kpc'))<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/static_output.py", line 378, in h<br>    self._index_proxy = IndexProxy(self)<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/static_output.py", line 129, in __init__<br>    ds.index<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/static_output.py", line 365, in index<br>    self, dataset_type=self.dataset_type)<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/frontends/enzo/data_structures.py", line 211, in __init__<br>    GridIndex.__init__(self, ds, dataset_type)<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/geometry/geometry_handler.py", line 58, in __init__<br>    self._detect_output_fields()<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/frontends/enzo/data_structures.py", line 447, in _detect_output_fields<br>    ap_fields = self._detect_active_particle_fields()<br>  File "/cosma/home/dp004/dc-rega4/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/frontends/enzo/data_structures.py", line 407, in _detect_active_particle_fields<br>    g = gs[0]<br>IndexError: index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0<br><br><br></div>As far as I can see YT isn't able to get the gridID for the particle (its in grid 3). Any ideas what YT is missing here?<br><br></div>Cheers,<br></div>John<br><br></div>The dataset is here (~500 MBs)<br><span><b></b></span><span></span><a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/18978426/Enzo/RD0008.tgz" target="_blank">https://dl.dropboxusercontent.com/u/18978426/Enzo/RD0008.tgz</a><br><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote>