<div dir="ltr">I think that the main mapping functions that stellar people are thinking about are these:<div><br></div><div><a href="http://math.boisestate.edu/~calhoun/www_personal/papers/ca-he-le-2008.pdf">http://math.boisestate.edu/~calhoun/www_personal/papers/ca-he-le-2008.pdf</a><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 4, 2016 at 5:35 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mike and Sam,<br>
<br>
That makes sense; one thing we need to be slightly careful about is if<br>
the shape function needs to be modified considerably, or if it's<br>
multi-variate.  Sam, I'm sorry I missed your message or didn't put<br>
things together, but I think this is worth looking into further.  If<br>
you'd like to correspond about this, yt-dev might be a better choice,<br>
or we can chat offline and I'll send a summary.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, Apr 4, 2016 at 4:31 PM, Michael Zingale<br>
<<a href="mailto:michael.zingale@stonybrook.edu">michael.zingale@stonybrook.edu</a>> wrote:<br>
> This mapped grid capability is similar to what Sam Jones e-mailed the list<br>
> about a week or two ago.  Their grid is logically Cartesian, but a mapping<br>
> function transforms it to a different shape.<br>
><br>
> On Mon, Apr 4, 2016 at 5:13 PM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Yan-Fei,<br>
>><br>
>> I've thought about this a bunch.  I *think* that it's feasible, with<br>
>> only very minor modifications to the existing system, as long as<br>
>> there's a mapping we can construct for the spacing, and that mapping<br>
>> is unique across the grids at fixed levels.<br>
>><br>
>> What I mean by that is, if we can have a function that operates such<br>
>> that it's given a set of integer values (integer coordinate [xyz],<br>
>> resolution level) and it can return a position and a width (in linear<br>
>> space), we can implement this without too much trouble.  I can see<br>
>> some tricky things relating to how to switch between log/lin<br>
>> visualization, but they should be surmountable. (And presumably, if<br>
>> you have a log spaced dataset, you won't want linear viz terribly<br>
>> frequently anyway.)  Generating the integer coordinate might be the<br>
>> funniest part; in linear space it's just<br>
>> (pos-domain_left_edge)/local_dx, but I don't know the specifics of<br>
>> your data format.<br>
>><br>
>> -Matt<br>
>><br>
>> On Thu, Mar 31, 2016 at 9:55 AM, Jonah Miller<br>
>> <<a href="mailto:jonah.maxwell.miller@gmail.com">jonah.maxwell.miller@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > Hi Yan-Fei,<br>
>> ><br>
>> > I don't think this will work out of the box. Matt may have more insight<br>
>> > here.<br>
>> ><br>
>> > Best,<br>
>> > Jonah<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On 16-03-31 01:03 AM, Jiang, Yanfei wrote:<br>
>> ><br>
>> > Hi Matt and Jonah,<br>
>> ><br>
>> >     I think I can use load_hexahedral_mesh to load data from each mesh<br>
>> > block. But it cannot use three arrays (xgrid, ygrid, zgrid) to define<br>
>> > the<br>
>> > whole mesh due to mesh refinement. I guess I can create a dict to<br>
>> > collect<br>
>> > the data from each mesh block, as in load_amr_grids (but not the same).<br>
>> > The<br>
>> > question is will such a data structure (a dict of hexahedral_mesh) be<br>
>> > recognized by yt?<br>
>> ><br>
>> > On Wed, Mar 30, 2016 at 6:01 PM, Jonah Miller<br>
>> > <<a href="mailto:jonah.maxwell.miller@gmail.com">jonah.maxwell.miller@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Hi Yanfei,<br>
>> >><br>
>> >> To add to Matt's comment. Here is the documentation for using<br>
>> >> load_hexahedral_mesh.<br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> <a href="http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#semi-structured-grid-data" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#semi-structured-grid-data</a><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> <a href="http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_hexahedral_mesh.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_hexahedral_mesh.html</a><br>
>> >><br>
>> >> Best,<br>
>> >> Jonah<br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> On 16-03-30 05:15 PM, Matthew Turk wrote:<br>
>> >>><br>
>> >>> Hi Yanfei,<br>
>> >>><br>
>> >>> This is possible -- but it will also slow some things down.  You can<br>
>> >>> use the load_hexahedral_mesh function, and there're examples of this.<br>
>> >>> This takes away some of the optimizations that regular grids can do,<br>
>> >>> but we're hoping to add them back in shortly.  Like the other<br>
>> >>> functions it too takes a geometry argument.<br>
>> >>><br>
>> >>> -Matt<br>
>> >>><br>
>> >>> On Wed, Mar 30, 2016 at 2:49 PM, Jiang, Yanfei<br>
>> >>> <<a href="mailto:yanfei.jiang@cfa.harvard.edu">yanfei.jiang@cfa.harvard.edu</a>> wrote:<br>
>> >>>><br>
>> >>>> Hi Jonah,<br>
>> >>>><br>
>> >>>>     I am able to load the data to yt now using load_amr_grids(). I<br>
>> >>>> notice<br>
>> >>>> that it can also set geometry to spherical. This is great. But to<br>
>> >>>> make<br>
>> >>>> life<br>
>> >>>> more complicate. Is it possible to let yt know that the grid is<br>
>> >>>> logarithmic?<br>
>> >>>> Currently, load_amr_grids() just take left and right edges of each<br>
>> >>>> block. I<br>
>> >>>> guess yt assumes the grid is uniform between left and right edges. Is<br>
>> >>>> it<br>
>> >>>> possible to provide arrays of coordinate values for each cell in each<br>
>> >>>> block?<br>
>> >>>><br>
>> >>>> Thanks.<br>
>> >>>><br>
>> >>>> On Tue, Mar 29, 2016 at 6:58 PM, Jonah Miller<br>
>> >>>> <<a href="mailto:jonah.maxwell.miller@gmail.com">jonah.maxwell.miller@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> Hi Yan-Feng,<br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> I haven't tried it, but I think there is functionality for this. You<br>
>> >>>>> can<br>
>> >>>>> use the load_amr_grids() function which can load amr data in<br>
>> >>>>> Cartesian,<br>
>> >>>>> spherical, or polar coordinates. Here's the documentation:<br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> <a href="http://yt-project.org/doc/examining/generic_array_data.html#loading-numpy-array" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/doc/examining/generic_array_data.html#loading-numpy-array</a><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> <a href="http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids.html#yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids.html#yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids</a><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> Best,<br>
>> >>>>> Jonah<br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> On Tue, Mar 29, 2016, 6:35 PM Jiang, Yanfei<br>
>> >>>>> <<a href="mailto:yanfei.jiang@cfa.harvard.edu">yanfei.jiang@cfa.harvard.edu</a>><br>
>> >>>>> wrote:<br>
>> >>>>>><br>
>> >>>>>> Hi,<br>
>> >>>>>>           I have some data from a new version of Athena<br>
>> >>>>>> simulations.<br>
>> >>>>>> It is<br>
>> >>>>>> in spherical polar coordinate with mesh refinement written in HDF5.<br>
>> >>>>>> The data<br>
>> >>>>>> structure is similar to flash data but not the same. Does anyone<br>
>> >>>>>> have<br>
>> >>>>>> suggestions to load such data to yt directly?<br>
>> >>>>>><br>
>> >>>>>> Thank you.<br>
>> >>>>>> --<br>
>> >>>>>> Yan-Fei Jiang<br>
>> >>>>>><br>
>> >>>>>> Einstein Fellow<br>
>> >>>>>> Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics<br>
>> >>>>>> 60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138<br>
>> >>>>>> _______________________________________________<br>
>> >>>>>> yt-users mailing list<br>
>> >>>>>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >>>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>><br>
>> >>>>> _______________________________________________<br>
>> >>>>> yt-users mailing list<br>
>> >>>>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> >>>>><br>
>> >>>><br>
>> >>>><br>
>> >>>> --<br>
>> >>>> Yan-Fei Jiang<br>
>> >>>><br>
>> >>>> Einstein Fellow<br>
>> >>>> Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics<br>
>> >>>> 60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138<br>
>> >>>><br>
>> >>>> _______________________________________________<br>
>> >>>> yt-users mailing list<br>
>> >>>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> >>>><br>
>> >>> _______________________________________________<br>
>> >>> yt-users mailing list<br>
>> >>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> yt-users mailing list<br>
>> >> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > --<br>
>> > Yan-Fei Jiang<br>
>> ><br>
>> > Einstein Fellow<br>
>> > Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics<br>
>> > 60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Michael Zingale<br>
> Associate Professor<br>
><br>
> Dept. of Physics & Astronomy • Stony Brook University • Stony Brook, NY<br>
> 11794-3800<br>
> phone:  <a href="tel:631-632-8225" value="+16316328225">631-632-8225</a><br>
> e-mail: <a href="mailto:Michael.Zingale@stonybrook.edu">Michael.Zingale@stonybrook.edu</a><br>
> web: <a href="http://www.astro.sunysb.edu/mzingale" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.astro.sunysb.edu/mzingale</a><br>
> github: <a href="http://github.com/zingale" rel="noreferrer" target="_blank">http://github.com/zingale</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Michael Zingale</div><div>Associate Professor</div><div><br></div><div>Dept. of Physics & Astronomy • Stony Brook University • Stony Brook, NY 11794-3800</div><div><i>phone</i>:  631-632-8225</div><div><i>e-mail</i>: <a href="mailto:Michael.Zingale@stonybrook.edu" target="_blank">Michael.Zingale@stonybrook.edu</a></div><div><i>web</i>: <a href="http://www.astro.sunysb.edu/mzingale" target="_blank">http://www.astro.sunysb.edu/mzingale</a></div><div>github: <a href="http://github.com/zingale" target="_blank">http://github.com/zingale</a></div><div><br></div></div></div></div>
</div>