<div dir="ltr">Hi Jonah,<div><br></div><div>   I am able to load the data to yt now using load_amr_grids(). I notice that it can also set geometry to spherical. This is great. But to make life more complicate. Is it possible to let yt know that the grid is logarithmic? Currently, load_amr_grids() just take left and right edges of each block. I guess yt assumes the grid is uniform between left and right edges. Is it possible to provide arrays of coordinate values for each cell in each block?</div><div><br></div><div>Thanks. </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 29, 2016 at 6:58 PM, Jonah Miller <span dir="ltr"><<a href="mailto:jonah.maxwell.miller@gmail.com" target="_blank">jonah.maxwell.miller@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Yan-Feng,</div><span>
</span><p dir="ltr">I haven't tried it, but I think there is functionality for this. You can use the load_amr_grids() function which can load amr data in Cartesian, spherical, or polar coordinates. Here's the documentation:</p><span>
</span><a href="http://yt-project.org/doc/examining/generic_array_data.html#loading-numpy-array" target="_blank">http://yt-project.org/doc/examining/generic_array_data.html#loading-numpy-array</a><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids.html#yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids" target="_blank">http://yt-project.org/doc/reference/api/generated/yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids.html#yt.frontends.stream.data_structures.load_amr_grids</a></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jonah</div><div><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5"><div dir="ltr">On Tue, Mar 29, 2016, 6:35 PM Jiang, Yanfei <<a href="mailto:yanfei.jiang@cfa.harvard.edu" target="_blank">yanfei.jiang@cfa.harvard.edu</a>> wrote:<br></div></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi, <div>         I have some data from a new version of Athena simulations. It is in spherical polar coordinate with mesh refinement written in HDF5. The data structure is similar to flash data but not the same. Does anyone have suggestions to load such data to yt directly? </div><div><br></div><div>Thank you.</div><div>-- <br><div><div dir="ltr">Yan-Fei Jiang<div><br><div>Einstein Fellow</div><div>Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics</div><div>60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138</div><div></div></div></div></div>
</div></div></div></div><span class="">
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</span></blockquote></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Yan-Fei Jiang<div><br><div>Einstein Fellow</div><div>Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics</div><div>60 Garden Street, Cambridge MA USA 02138</div><div></div></div></div></div>
</div>