<div dir="ltr">Hi Enrico,<div><br></div><div>I don't think you're doing anything wrong - this is a bug, likely a generic issue with the way covering grids get filled out for octree data.</div><div><br></div><div>This issue with smoothed_covering_grid is likely another, different but related bug.</div><div><br></div><div>Can you create an issue to track this?</div><div><br></div><div><a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issues/new">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issues/new</a><br></div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 23, 2016 at 9:36 AM, Enrico Garaldi <span dir="ltr"><<a href="mailto:egaraldi@uni-bonn.de" target="_blank">egaraldi@uni-bonn.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
I am having troubles using the smoothed_covering_grid and covering_grid with RAMSES dataset.<br>
I have yt-project version 3.2.3 and I am using the "output_00080" dataset from the yt sample datasets.<br>
<br>
smoothed_covering_grid fails (raising a RuntimeError because tot != 0, line 880 of construction_data_containers.pyc), while covering_grid seems to leave unfilled the refined regions. What I mean is that if a cell is refined beyond the maximum allowed level for the grid, it is left unfilled (contrary to what happens with ENZO datasets).<br>
<br>
I am using this code:<br>
<br>
import yt<br>
import matplotlib.pyplot as plt<br>
<br>
ds = yt.load('/users/egaraldi/Documents/output_00080/info_00080.txt')<br>
<br>
cgrid = ds.covering_grid(0, left_edge=ds.domain_left_edge, dims=ds.domain_dimensions)<br>
<br>
density_field = cgrid["density"]<br>
<br>
print (density_field == 0.0).any()  #should be False but it is True<br>
<br>
plt.imshow(density_field[:,:,48].v, interpolation='none')<br>
plt.show()    #holes with zero-density corresponding to refined regions<br>
<br>
Am I doing something wrong?<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
Enrico<br>
<br>
-------------------------------------<br>
Enrico Garaldi - Ph.D. student<br>
Argelander-Institut für Astronomie<br>
Address: Auf dem Hügel 71, 53121 Bonn, Germany<br>
Room: 1.024<br>
Phone: <a href="tel:%2B49%20%280%29%20228%2073%203433" value="+49228733433" target="_blank">+49 (0) 228 73 3433</a><br>
egaraldi[at]uni-bonn[dot]de<br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>