<div dir="ltr">Hi Jonathan,<div><br></div><div>That error message should probably include the workaround. Do the following:</div><div><br></div><div>ds.periodicity = (True, True, True)</div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 2, 2016 at 11:15 AM, Slavin, Jonathan <span dir="ltr"><<a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu" target="_blank">jslavin@cfa.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi all,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have some 3D data that I'd like to visualize using iso-surfaces.  The data are for an explosion at the center and in cartesian coordinates with reflecting boundary conditions on the left edges such that it is expanding in one octant of a 3D space.  I have tried a few different approaches and I keep running into the RuntimeError:</div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">"Error: yt attempted to read outside the boundaries of a non-periodic domain along dimension 0.</font><br></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">...</font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">This commonly happens when trying to compute ghost cells up to the domain boundary. Two possible solutions are to load a smaller region that does not border the edge or override the periodicity for this dataset."<br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">So this is after I loaded a smaller region.  I don't want to exclude the planes along x = 0, y= 0 and z = 0 because then I'll be excluding the explosion center.  It's not clear to me how to "exclude the periodicity for the dataset".  Any help would be appreciated.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Jon​</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">________________________________________________________<br>Jonathan D. Slavin                 Harvard-Smithsonian CfA<br><a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu" target="_blank">jslavin@cfa.harvard.edu</a>       60 Garden Street, MS 83<br>phone: <a href="tel:%28617%29%20496-7981" value="+16174967981" target="_blank">(617) 496-7981</a>       Cambridge, MA 02138-1516<br>cell: <a href="tel:%28781%29%20363-0035" value="+17813630035" target="_blank">(781) 363-0035</a>             USA<br>________________________________________________________<br><br></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>