<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi all,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I have some 3D data that I'd like to visualize using iso-surfaces.  The data are for an explosion at the center and in cartesian coordinates with reflecting boundary conditions on the left edges such that it is expanding in one octant of a 3D space.  I have tried a few different approaches and I keep running into the RuntimeError:</div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">"Error: yt attempted to read outside the boundaries of a non-periodic domain along dimension 0.</font><br></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">...</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">This commonly happens when trying to compute ghost cells up to the domain boundary. Two possible solutions are to load a smaller region that does not border the edge or override the periodicity for this dataset."<br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="arial, helvetica, sans-serif">So this is after I loaded a smaller region.  I don't want to exclude the planes along x = 0, y= 0 and z = 0 because then I'll be excluding the explosion center.  It's not clear to me how to "exclude the periodicity for the dataset".  Any help would be appreciated.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Jon​</div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">________________________________________________________<br>Jonathan D. Slavin                 Harvard-Smithsonian CfA<br><a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu" target="_blank">jslavin@cfa.harvard.edu</a>       60 Garden Street, MS 83<br>phone: (617) 496-7981       Cambridge, MA 02138-1516<br>cell: (781) 363-0035             USA<br>________________________________________________________<br><br></div></div></div></div>
</div>