<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div><div>Hi all,<br><br></div>I'm trying to use yt for analysis of a 2D axisymmetric (R-z) dataset using the BoxLib frontend. After I load the dataset I am trying to make a covering grid with the following commands:<br><br><div style="margin-left:40px">    ds = yt.load(pltfile)<br><br>    problo = ds.domain_left_edge.v<br>    probhi = ds.domain_right_edge.v<br>    dim    = ds.domain_dimensions<br><br>    grid = ds.covering_grid(level=0, left_edge = problo, dims = dim)<br></div><br>That leads to the following output at the terminal:<br><br><div style="margin-left:40px">yt : [INFO     ] 2016-01-18 01:35:47,516 Parameters: current_time              = 0.0<br>yt : [INFO     ] 2016-01-18 01:35:47,516 Parameters: domain_dimensions         = [1024 2048]<br>yt
 : [INFO     ] 2016-01-18 01:35:47,517 Parameters: 
domain_left_edge          = [  0.00000000e+00  -5.12000000e+09   
0.00000000e+00]<br>yt : [INFO     ] 2016-01-18 01:35:47,517 Parameters: 
domain_right_edge         = [  5.12000000e+09   5.12000000e+09   
6.28318531e+00]<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "analyze.py", line 78, in <module><br>    wdmerger.rho_T_scatterplot(eps_filename, output_dir + pltfile)<br>  File "/home/mkatz/codes/wdmerger/analysis/wdmerger.py", line 615, in rho_T_scatterplot<br>    grid = ds.covering_grid(level=0, left_edge = problo, dims = dim)<br>  File "/gpfs/home/mkatz/codes/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/construction_data_containers.py", line 503, in __init__<br>    self.ActiveDimensions = self._sanitize_dims(dims)<br>  File "/gpfs/home/mkatz/codes/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/construction_data_containers.py", line 552, in _sanitize_dims<br>    "Length of dims must match the dimensionality of the dataset")<br>RuntimeError: Length of dims must match the dimensionality of the dataset<br></div><br></div>Thoughts? It seems like the code has some inconsistency in what the dimensionality of the dataset is. The Castro plot file in question doesn't provide that third angular dimension of size 2*pi.<br><br clear="all"><div><div><div><div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Max Katz<br>Ph.D. Candidate, Department of Physics and Astronomy<br>Stony Brook University<br><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__astro.sunysb.edu_mkatz_&d=BQMFaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=hgcBC3x6dKFoTrmFmMYYbKNfiHZlGLKliIidd1LwmHI&m=_dgRRCKK2cWDNKe1xRpFCjJwn-6W_cZV6rbGv4iaptQ&s=TgznmOBu7MI5EBJRicNarJKwxjlei8a9D2tLvJbt-i8&e=" target="_blank">http://astro.sunysb.edu/mkatz/</a></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>