<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 9, 2015 at 5:44 PM, Sushilkumar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sushil.sush19us@gmail.com" target="_blank">sushil.sush19us@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear yt:<br><br></div>Thank you for your reply . <br>Now, my code generates a file which is in matrix market format. I would like to plot this file using yt. Is there a way that yt can read this type of  file format?<br></div></div></blockquote><div><br></div><div>yt doesn't have native support for the matrix market format (which I'd actually never heard of before you mentioned it). It does have the ability to load data as NumPy arrays. See here:</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#generic-amr-data">http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#generic-amr-data</a> <br></div><div><a href="http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#generic-array-data">http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#generic-array-data</a><br></div><div><a href="http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#semi-structured-grid-data">http://yt-project.org/doc/examining/loading_data.html#semi-structured-grid-data</a><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div>Thanks in advance<br><div><div><br><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 9, 2015 at 12:50 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:yt-users-request@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users-request@lists.spacepope.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Send yt-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:yt-users-request@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users-request@lists.spacepope.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:yt-users-owner@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users-owner@lists.spacepope.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of yt-users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. yt query (Sushilkumar)<br>
   2. Re: yt query (Nathan Goldbaum)<br>
   3. Re: code support for ZEUS-MP 2 (Andrea Negri)<br>
   4. Re: code support for ZEUS-MP 2 (Matthew Turk)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 8 Dec 2015 12:56:03 -0600<br>
From: Sushilkumar <<a href="mailto:sushil.sush19us@gmail.com" target="_blank">sushil.sush19us@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
Subject: [yt-users] yt query<br>
Message-ID:<br>
        <CAKARaKXB9FxdXv=_=<a href="mailto:q2iW7%2BeCfofsjW0oKsXTYiPh-vMtH6MBA@mail.gmail.com" target="_blank">q2iW7+eCfofsjW0oKsXTYiPh-vMtH6MBA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear yt:<br>
<br>
I would like to plot magnetic field lines in 3D using either streamline or<br>
3D quiver plots. Could you suggest me ways for the doing the same?<br>
<br>
Thanks in advance<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
*SK2*<br>
<br>
*"**Claiming that something can move faster than light is a good<br>
conversation-stopper in physics. People edge away from you in cocktail<br>
parties; friends never return phone calls. You just don?t mess with Albert<br>
Einstein.**"*<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151208/89b7f4f3/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151208/89b7f4f3/attachment.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 8 Dec 2015 13:52:17 -0600<br>
From: Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>><br>
To: Discussion of the yt analysis package<br>
        <<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a>><br>
Subject: Re: [yt-users] yt query<br>
Message-ID:<br>
        <CAJXewOnxB9hbTKWwiiJrX+Q7un0fQrqHw99J55P6c=<a href="mailto:D4bG4vew@mail.gmail.com" target="_blank">D4bG4vew@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
If you have data that's loadable by yt, you should be able to create the<br>
streamlines following this document:<br>
<br>
<a href="http://yt-project.org/doc/visualizing/streamlines.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/doc/visualizing/streamlines.html</a><br>
<br>
yt doesn't natively visualize streamlines, but you can use matplotlib or<br>
mayavi to visualize the streamlines in 3d:<br>
<br>
* <a href="http://docs.enthought.com/mayavi/mayavi/mlab.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://docs.enthought.com/mayavi/mayavi/mlab.html</a><br>
* <a href="http://matplotlib.org/mpl_toolkits/mplot3d/tutorial.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://matplotlib.org/mpl_toolkits/mplot3d/tutorial.html</a><br>
<br>
Hope that helps,<br>
<br>
Nathan<br>
<br>
On Tue, Dec 8, 2015 at 12:56 PM, Sushilkumar <<a href="mailto:sushil.sush19us@gmail.com" target="_blank">sushil.sush19us@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Dear yt:<br>
><br>
> I would like to plot magnetic field lines in 3D using either streamline or<br>
> 3D quiver plots. Could you suggest me ways for the doing the same?<br>
><br>
> Thanks in advance<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> *SK2*<br>
><br>
> *"**Claiming that something can move faster than light is a good<br>
> conversation-stopper in physics. People edge away from you in cocktail<br>
> parties; friends never return phone calls. You just don?t mess with Albert<br>
> Einstein.**"*<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151208/64610d27/attachment-0001.htm" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151208/64610d27/attachment-0001.htm</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 9 Dec 2015 10:38:43 +0100<br>
From: Andrea Negri <<a href="mailto:negri.andre@gmail.com" target="_blank">negri.andre@gmail.com</a>><br>
To: Discussion of the yt analysis package<br>
        <<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a>><br>
Subject: Re: [yt-users] code support for ZEUS-MP 2<br>
Message-ID:<br>
        <CAPUxaiQnwSY=FT_e+a0AQi=<a href="mailto:uu8mx42K9pO3pj6kRwBnTvtJGNg@mail.gmail.com" target="_blank">uu8mx42K9pO3pj6kRwBnTvtJGNg@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8<br>
<br>
Hi Matthew,<br>
sorry for the late reply.<br>
<br>
I forgot to say that the spacing of the (spherical) radial grid is not<br>
constant with the radius,  but it is logarithmically sampled. Is it a<br>
problem?<br>
<br>
<br>
Andrea<br>
<br>
On 2 December 2015 at 18:13, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Andrea,<br>
><br>
> It should be straightforward to do this.  You can load it in to yt<br>
> using the yt.load_uniform_grid function, and then specify the geometry<br>
> as spherical.  In the docs we have some examples:<br>
><br>
> <a href="http://yt-project.org/docs/3.2/examining/loading_data.html#generic-array-data" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/docs/3.2/examining/loading_data.html#generic-array-data</a><br>
><br>
> Specifying geometry="spherical" works here, and if your data is not in<br>
> r,theta,phi, you can specify the axis ordering with<br>
> geometry=("spherical", ("theta", "phi", "r")) (or whatever).<br>
><br>
> -Matt<br>
><br>
> On Wed, Dec 2, 2015 at 10:43 AM, Andrea Negri <<a href="mailto:negri@iap.fr" target="_blank">negri@iap.fr</a>> wrote:<br>
>> Hello,<br>
>><br>
>> I'm a ZEUS-MP 2 user, and I was wondering if is it possible to add the<br>
>> support to ZEUS-MP 2 data, which are stored in HDF5 files.<br>
>><br>
>> The data are nothing special or fancy, forget about particles or multiple<br>
>> levels of refinement. The code has a fixed grid in spherical coordinates,<br>
>> and all my simulations are axially symmetric, i.e. all the variables depends<br>
>> only on the spherical radius and co-latitude.<br>
>><br>
>> It would be great to benefits of all the yt features!<br>
>><br>
>> Thanks in advance,<br>
>> Andrea Negri<br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Wed, 9 Dec 2015 05:56:05 -0600<br>
From: Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>><br>
To: Discussion of the yt analysis package<br>
        <<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a>><br>
Subject: Re: [yt-users] code support for ZEUS-MP 2<br>
Message-ID:<br>
        <CALO3=5HPm=HoxuXwJnSXjuU=<a href="mailto:NX26pDHNGqCC%2BRy-aLVwETfXEw@mail.gmail.com" target="_blank">NX26pDHNGqCC+Ry-aLVwETfXEw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Andrea,<br>
<br>
For that, you can use the load_hexahedral_mesh function. There's an example<br>
in the docs as well.<br>
<br>
Matt<br>
On Dec 9, 2015 3:39 AM, "Andrea Negri" <<a href="mailto:negri.andre@gmail.com" target="_blank">negri.andre@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi Matthew,<br>
> sorry for the late reply.<br>
><br>
> I forgot to say that the spacing of the (spherical) radial grid is not<br>
> constant with the radius,  but it is logarithmically sampled. Is it a<br>
> problem?<br>
><br>
><br>
> Andrea<br>
><br>
> On 2 December 2015 at 18:13, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > Hi Andrea,<br>
> ><br>
> > It should be straightforward to do this.  You can load it in to yt<br>
> > using the yt.load_uniform_grid function, and then specify the geometry<br>
> > as spherical.  In the docs we have some examples:<br>
> ><br>
> ><br>
> <a href="http://yt-project.org/docs/3.2/examining/loading_data.html#generic-array-data" rel="noreferrer" target="_blank">http://yt-project.org/docs/3.2/examining/loading_data.html#generic-array-data</a><br>
> ><br>
> > Specifying geometry="spherical" works here, and if your data is not in<br>
> > r,theta,phi, you can specify the axis ordering with<br>
> > geometry=("spherical", ("theta", "phi", "r")) (or whatever).<br>
> ><br>
> > -Matt<br>
> ><br>
> > On Wed, Dec 2, 2015 at 10:43 AM, Andrea Negri <<a href="mailto:negri@iap.fr" target="_blank">negri@iap.fr</a>> wrote:<br>
> >> Hello,<br>
> >><br>
> >> I'm a ZEUS-MP 2 user, and I was wondering if is it possible to add the<br>
> >> support to ZEUS-MP 2 data, which are stored in HDF5 files.<br>
> >><br>
> >> The data are nothing special or fancy, forget about particles or<br>
> multiple<br>
> >> levels of refinement. The code has a fixed grid in spherical<br>
> coordinates,<br>
> >> and all my simulations are axially symmetric, i.e. all the variables<br>
> depends<br>
> >> only on the spherical radius and co-latitude.<br>
> >><br>
> >> It would be great to benefits of all the yt features!<br>
> >><br>
> >> Thanks in advance,<br>
> >> Andrea Negri<br>
> >> _______________________________________________<br>
> >> yt-users mailing list<br>
> >> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> >> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
> > _______________________________________________<br>
> > yt-users mailing list<br>
> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151209/247f39d9/attachment-0001.htm" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/attachments/20151209/247f39d9/attachment-0001.htm</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of yt-users Digest, Vol 94, Issue 5<br>
***************************************<span class=""><font color="#888888"><br>
</font></span></blockquote></div><span class=""><font color="#888888"><br><br clear="all"><br>-- <br><div><span style="border-collapse:collapse"><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><b><i>SK²</i></b></span></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><b><i>^<br></i></b></span></div><div><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;border-collapse:collapse"><b>^"</b></span><font face="arial, sans-serif" color="#500050"><b>Claiming that something can move faster than light is a good conversation-stopper in physics. People edge away from you in cocktail parties; friends never return phone calls. You just don’t mess with Albert Einstein.</b></font><b style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif">^"</b></div><div style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div></span></div>
</font></span></div></div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>