<div dir="ltr">Just to follow up, Matt's suggestion to store a list of dataset objects somewhere will definitely "fix" the issue in that you'll avoid the traceback.<div><br></div><div>I'm going to try to make it so the sphere object never actually needs to access the dataset object, since data containers only retain a weak reference to Dataset instances to avoid memory leaks.</div><div><br></div><div>-Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 20, 2015 at 7:05 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">A workaround would be to retain the ds's loaded in memory, for<br>
instance by appending them to a list or something.  Not a solution,<br>
but a workaround.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Thu, Aug 20, 2015 at 6:55 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I can reproduce this and have opened an issue to track it:<br>
> <a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issues/1069/data-objects-used-to-create-a-profile-in-a" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issues/1069/data-objects-used-to-create-a-profile-in-a</a><br>
><br>
><br>
> On Thu, Aug 20, 2015 at 6:33 PM, Mateusz Ruszkowski <<a href="mailto:mateuszr@umich.edu">mateuszr@umich.edu</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>>    Hi,<br>
>><br>
>> I am trying to plot two profiles on one plot and adjust xlim. I am getting<br>
>> the following error message:<br>
>><br>
>> Traceback (most recent call last):<br>
>>   File "test.py", line 17, in <module><br>
>>     plot.set_xlim([0.1, 1.0])<br>
>>   File<br>
>> "/home/mateuszr/my_yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/plot_container.py",<br>
>> line 62, in newfunc<br>
>>     rv = f(*args, **kwargs)<br>
>>   File<br>
>> "/home/mateuszr/my_yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/profile_plotter.py",<br>
>> line 547, in set_xlim<br>
>>     extrema=extrema, units=units)<br>
>>   File<br>
>> "/home/mateuszr/my_yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/profiles.py", line<br>
>> 1436, in create_profile<br>
>>     bin_fields = data_source._determine_fields(bin_fields)<br>
>>   File<br>
>> "/home/mateuszr/my_yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 552, in _determine_fields<br>
>>     finfo = self.ds._get_field_info(ftype, fname)<br>
>> ReferenceError: weakly-referenced object no longer exists<br>
>><br>
>> ---------------------------------------------------<br>
>> I am using the following script:<br>
>><br>
>> import yt<br>
>><br>
>> profiles = []<br>
>> labels   = []<br>
>><br>
>> for i in range(0,2,1):<br>
>><br>
>>    print i<br>
>>    ds=yt.load("./sedov_hdf5_chk_%04i"%i)<br>
>>    my_data = ds.sphere(ds.domain_center, 1.0)<br>
>>    sim_time = ds.current_time<br>
>>    profiles.append(yt.create_profile(my_data, "radius",<br>
>> fields=["density"], weight_field="cell_volume", n_bins=32))<br>
>>    labels.append("t= %.0f" % sim_time)<br>
>><br>
>> plot = yt.ProfilePlot.from_profiles(profiles, labels=labels)<br>
>> plot.set_xlim([0.1, 1.0])<br>
>> plot.save()<br>
>><br>
>> ------------------------------------------------------<br>
>> I am using the following yt version:<br>
>><br>
>> Version = 3.3-dev<br>
>> Changeset = 603eab147248 (yt) tip<br>
>><br>
>><br>
>> -------------------------------------------------------<br>
>><br>
>> Data = standard Flash Sedov test.<br>
>><br>
>><br>
>> Any idea what I may be doing wrong?<br>
>><br>
>>     Thanks,<br>
>>       Mateusz<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>