Any chance you can trigger this crash <span></span>using a script that relies on a public dataset? I'm happy to debug, but need to be able to reproduce this locally to see what's going wrong.<div><br></div><div>Nathan<br><br>On Tuesday, August 4, 2015, Brian O'Shea <<a href="mailto:bwoshea@gmail.com">bwoshea@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi folks,<div><br></div><div>I have been trying to make some dark matter density movies using the "all_cic" field, and have discovered that using "all_cic" can reliably cause yt to seg fault on the supercomputer I'm using (x86_64 linux cluster with kernel 2.6.32-504.8.1.el6.x86_64) using the tip of yt-dev (changeset fa08e386d0da).  The script that causes the crash is here:</div><div><br></div><div><a href="http://paste.yt-project.org/show/5774/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/5774/</a><br></div><div><br></div><div>After I turned up the log level and started using pdb to debug, I discovered that the line in the script that causes the seg fault is line 88:</div><div><br></div><div>dm_dens_x = my_reg[("deposit", "all_cic")].value<br></div><div><br></div><div>where my_reg is defined as (on line 82):</div><div><br></div><div>my_reg = ds.arbitrary_grid(left, right, dims=[1,800, 800])<br></div><div><br></div><div>After stepping through with pdb, it seems that the code dies in this function:</div><div><br></div><div>/mnt/home/oshea/yt-3/lib/python2.7/site-packages/sympy/core/basic.py(83)__new__()<br></div><div><br></div><div>with the traceback shown here:</div><div><br></div><div><a href="http://paste.yt-project.org/show/5775/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/5775/</a><br></div><div><br></div><div>Based on this traceback, it seems that there are problems with the unit system. </div><div><br></div><div>Interestingly enough, though, this does not happen on every dataset - it seems to happen occasionally, but predictably.  For example, I can generate two images using this script, but it will seg fault on the third.  On a different dataset in the time series, it will produce one image and then seg fault on the second.  If I run the script over and over, it will eventually produce quite a few images, until it runs into a situation where it seg faults on the first image I produce (at which point I went to the debugger).</div><div><br></div><div>I don't have enough experience with the guts of yt - and the units section of yt in particular - to have a sense of what might be happening here based on the traceback.  Does anybody have any suggestions?</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div>--Brian</div><div><br></div><div><br></div></div>
</blockquote></div>