<div dir="ltr">I don't think that (0,0,0) as a corner is a problem, but as John suggested, boundary conditions can be.  A lot of yt assumes triply periodic BCs (I suspect because these are common in cosmology).  You might try manually resetting the BCs in the yt data set object to periodic to see if that helps.  I've done this as:<div><br></div><div><div>    ds.periodicity = (True, True, True)</div></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 30, 2015 at 9:34 PM, John ZuHone <span dir="ltr"><<a href="mailto:jzuhone@gmail.com" target="_blank">jzuhone@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Mikhail,</div><div><br></div><div>Sorry you're having trouble--any chance you can post your script using <a href="http://paste.yt-project.org" target="_blank">paste.yt-project.org</a> or a similar paste service? It'll be easier to figure out what's going on then.</div><div><br></div><div>By the way, what are your simulation's boundary conditions?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>John Z<br><br><span style="font-size:13pt;background-color:rgba(255,255,255,0)">John ZuHone</span><br><div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Kavli Center for Astrophysics and Space Research<br>Massachusetts Institute of Technology<br><a>77 Massachusetts Ave.</a>, 37-582G<br><a>Cambridge, MA 02139</a><br>(w) <a href="tel:617-253-2354" target="_blank">617-253-2354</a><br>(m) <a href="tel:781-708-5004" target="_blank">781-708-5004</a><br><a href="mailto:jzuhone@space.mit.edu" target="_blank">jzuhone@space.mit.edu</a><br><a href="mailto:jzuhone@gmail.com" target="_blank">jzuhone@gmail.com</a><br><a href="http://www.jzuhone.com/" target="_blank">http://www.jzuhone.com</a></span><br style="font-family:UICTFontTextStyleBody"></div></div><div><div class="h5"><div><br>On Jul 30, 2015, at 9:30 PM, Mikhail Klassen <<a href="mailto:klassm@mcmaster.ca" target="_blank">klassm@mcmaster.ca</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">I'm trying to plot 3D streamlines from a FLASH (v.4) dataset. I've based my streamlines script off the version presented on the <a href="http://yt-project.org" target="_blank">yt-project.org</a> website.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">I consistently get an error about going up the ghost cells in my volume. The error message is:</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><font face="arial, helvetica, sans-serif">RuntimeError: Error: yt attempted to read outside the boundaries of a non-periodic domain along dimension 0.<br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">Region left edge = -3e+18 code_length, Region right edge = 4.5e+18 code_length<br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">Dataset left edge = 0.0 code_length, Dataset right edge = 1.2e+19 code_length</font><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">This commonly happens when trying to compute ghost cells up to the domain boundary. Two possible solutions are to load a smaller region that does not border the edge or override the periodicity for this dataset.</font></blockquote><div><br></div><div>My FLASH datasets have x/y/zmin = 0.0 and x/y/zmax 1.2e19 cm.</div><div><br></div><div>I seems like yt is trying to read outside my domain, or is bumping up against the guardcells and I have no idea how to prevent it from doing this. I have tried inspecting the code for an obvious solution. A very similar error shows up when I try to make 1D profiles of the entire dataset (dd = ds.all_data()).</div><div><br></div><div>is it possible that yt doesn't support volumes where the (0,0,0) coordinate is a corner of the volume? Any easy solution to the above issue?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mikhail</div></div></div>
</div></blockquote></div></div><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>yt-users mailing list</span><br><span><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a></span><br><span><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a></span><br></div></blockquote></div><br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Michael Zingale</div><div>Associate Professor</div><div><br></div><div>Dept. of Physics & Astronomy • Stony Brook University • Stony Brook, NY 11794-3800</div><div><i>phone</i>:  631-632-8225</div><div><i>e-mail</i>: <a href="mailto:Michael.Zingale@stonybrook.edu" target="_blank">Michael.Zingale@stonybrook.edu</a></div><div><i>web</i>: <a href="http://www.astro.sunysb.edu/mzingale" target="_blank">http://www.astro.sunysb.edu/mzingale</a></div><div>github: <a href="http://github.com/zingale" target="_blank">http://github.com/zingale</a></div><div><br></div></div></div></div>
</div>