You can do:<div><br></div><div>ds.periodicity = (1, 1, 1)</div><div><br></div><div>Technically this is wrong for your dataset, but if you don't care what happens at the boundary it should be fine.</div><div><br></div>There's an open issue to do boundary conditions for yt's <span></span>ghost zones properly, but so far no one has taken it up.<div><br></div><div>Nathan<br><div><br>On Thursday, July 30, 2015, John ZuHone <<a href="mailto:jzuhone@gmail.com">jzuhone@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Mikhail,</div><div><br></div><div>Sorry you're having trouble--any chance you can post your script using <a href="http://paste.yt-project.org" target="_blank">paste.yt-project.org</a> or a similar paste service? It'll be easier to figure out what's going on then.</div><div><br></div><div>By the way, what are your simulation's boundary conditions?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>John Z<br><br><span style="font-size:13pt;background-color:rgba(255,255,255,0)">John ZuHone</span><br><div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Kavli Center for Astrophysics and Space Research<br>Massachusetts Institute of Technology<br><a>77 Massachusetts Ave.</a>, 37-582G<br><a>Cambridge, MA 02139</a><br>(w) <a href="tel:617-253-2354" target="_blank">617-253-2354</a><br>(m) <a href="tel:781-708-5004" target="_blank">781-708-5004</a><br><a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','jzuhone@space.mit.edu');" target="_blank">jzuhone@space.mit.edu</a><br><a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','jzuhone@gmail.com');" target="_blank">jzuhone@gmail.com</a><br><a href="http://www.jzuhone.com/" target="_blank">http://www.jzuhone.com</a></span><br style="font-family:UICTFontTextStyleBody"></div></div><div><br>On Jul 30, 2015, at 9:30 PM, Mikhail Klassen <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','klassm@mcmaster.ca');" target="_blank">klassm@mcmaster.ca</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">I'm trying to plot 3D streamlines from a FLASH (v.4) dataset. I've based my streamlines script off the version presented on the <a href="http://yt-project.org" target="_blank">yt-project.org</a> website.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">I consistently get an error about going up the ghost cells in my volume. The error message is:</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><font face="arial, helvetica, sans-serif">RuntimeError: Error: yt attempted to read outside the boundaries of a non-periodic domain along dimension 0.<br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">Region left edge = -3e+18 code_length, Region right edge = 4.5e+18 code_length<br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">Dataset left edge = 0.0 code_length, Dataset right edge = 1.2e+19 code_length</font><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">This commonly happens when trying to compute ghost cells up to the domain boundary. Two possible solutions are to load a smaller region that does not border the edge or override the periodicity for this dataset.</font></blockquote><div><br></div><div>My FLASH datasets have x/y/zmin = 0.0 and x/y/zmax 1.2e19 cm.</div><div><br></div><div>I seems like yt is trying to read outside my domain, or is bumping up against the guardcells and I have no idea how to prevent it from doing this. I have tried inspecting the code for an obvious solution. A very similar error shows up when I try to make 1D profiles of the entire dataset (dd = ds.all_data()).</div><div><br></div><div>is it possible that yt doesn't support volumes where the (0,0,0) coordinate is a corner of the volume? Any easy solution to the above issue?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Mikhail</div></div></div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>yt-users mailing list</span><br><span><a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','yt-users@lists.spacepope.org');" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a></span><br><span><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a></span><br></div></blockquote></div></blockquote></div></div>