<div dir="ltr"><div><div>Are you running on the login node?<br><br>I've seen this too when I try to use mpi4py in a script on the Stampede login ode. Specifically, it fails in the 'from mpi4py import MPI' step. This happens even if I am not using yt or not running in parallel.<br><br></div>mpi4py works fine (for me at least) in an interactive compute node. I wonder if they have the login nodes set up  to discourage parallel jobs.<br><br></div>-- Greg<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jul 5, 2015 at 7:02 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">How did mpi4py get installed? <div><br></div><div>You may need to troubleshoot this with the Stampede sysadmins, since the error is being raised by the MPI library you're using.<span></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div><br>On Sunday, July 5, 2015, rahul kashyap <<a href="mailto:rahulkashyap411@gmail.com" target="_blank">rahulkashyap411@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear yt-users,<div><br></div><div>I'm trying to use parallel yt on stampede and got this error --<br></div><div><div>LiMIC: (limic_open) file open fail</div><div>[unset]: aborting job:</div><div>Fatal error in PMPI_Init_thread:</div><div>Other MPI error, error stack:</div><div>MPIR_Init_thread(436)....: </div><div>MPID_Init(371)...........: channel initialization failed</div><div>MPIDI_CH3_Init(335)......: </div><div>MPIDI_CH3I_SMP_Init(1723): LiMIC2 device does not exist: No such file or directory</div></div><div><br></div><div>In the interactive ipython, import yt and import mpi4py works ok but, yt.enable_parallelism() gives the same error. </div><div>Serial scripts runs perfectly fine. I've also tried building mpi4py by specifying mpicc path; itdoesn't work.</div><div><br></div><div>Any help would be highly appreciated. Thanks in advance.</div><div><br></div><div>rahul</div><div><br></div><div><br></div></div>
</blockquote></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div><div>Gregory Meece<br></div>Michigan State University<br></div>Department of Physics and Astronomy<br></div><a href="http://galactica.pa.msu.edu/%7Egmeece" target="_blank">http://galactica.pa.msu.edu/~gmeece</a></div></div>
</div>