<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Jun,<br><br></div>It looks like the ghost cell information is not getting set up properly in the Pluto IOHandler. Could you try adding the line:<br><br><div style="margin-left:40px">self._read_ghost_info()<br><br></div>to the end of the __init__ method of IOHandlerPlutoHDF5, in yt/frontends/chombo/io.py (line 239 in the current development tip)? I think that will solve your problem. <br><br></div>Best,<br></div>Andrew<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 16, 2015 at 5:57 AM, 方军 <span dir="ltr"><<a href="mailto:fangjun@ynu.edu.cn" target="_blank">fangjun@ynu.edu.cn</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear everyone,<br>
I recently used yt to plot the slice files for the hdf5 file from PLUTO 4.1.<br>
An error exists when ploting, i.e.,<br>
[('chombo', 'rho'), ('chombo', 'vx1'), ('chombo', 'vx2'), ('chombo', 'vx3'), ('chombo', 'prs')]<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "simple_slice.py", line 18, in <module><br>
    p = yt.ProjectionPlot(ds, "y", "density")<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/plot_window.py", line 1227, in __init__<br>
    field_parameters = field_parameters, method = method)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/construction_data_containers.py", line 250, in __init__<br>
    self.get_data(field)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/construction_data_containers.py", line 295, in get_data<br>
    chunk_fields, "io", local_only = True)):<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/parallel_tools/parallel_analysis_interface.py", line 506, in parallel_objects<br>
    for obj_id, obj in oiter:<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py", line 592, in chunks<br>
    self.get_data(fields)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py", line 681, in get_data<br>
    fluids, self, self._current_chunk)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/geometry/geometry_handler.py", line 252, in _read_fluid_fields<br>
    chunk_size)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/frontends/chombo/io.py", line 147, in _read_fluid_selection<br>
    data = self._read_data(g, fname)<br>
  File "/home/fangjun/yt/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/frontends/chombo/io.py", line 104, in _read_data<br>
    shape = grid.ActiveDimensions + 2*self.ghost<br>
<br>
AttributeError: 'IOHandlerPlutoHDF5' object has no attribute 'ghost'<br>
<br>
Could you give some instructions on it?<br>
Best wishes,<br>
Jun<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>