<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class=""><div><br></div></span><div>yt's "arbitrary_grid" feature might also be useful here.</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/objects.html?highlight=arbitrary_grid#arbitrary-grid" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/objects.html?highlight=arbitrary_grid#arbitrary-grid</a></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>I concur, though if the size of the grid or number of particles is large (as in the simulation I've been working with) this can result in memory issues.</div><div><br></div><div>--Brian</div><div><br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div><br></div><div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>I hope this helps!<br><br></div><div>Regards,</div><div>Brian</div><div><br></div><div><br></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 15, 2015 at 5:02 PM, Junhwan Choi (최준환) <span dir="ltr"><<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com" target="_blank">choi.junhwan@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Thank you Nathan,<br>
<br>
As I mentioned in my original inquire, if I use other IC generator<br>
such as CICASS, I do not get this wired square.<br>
I found that the MUSIC generates ParticleDisplacements_x/y/z, while<br>
the CICASS generates ParticlePositions for the DM particle position<br>
information.<br>
If this is the intrinsic enzo issue, there could be a subtle flaw for<br>
the enzo's DM N-body calculation if one uses MUSIC output.<br>
If this is a case, I had better report it to enzo user mailing list…<br>
<br>
Best,<br>
Junhwan<br>
<div><div><br>
<br>
On Mon, Jun 15, 2015 at 1:20 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
> If this is a plot of the Enzo "Dark_Matter_Density" field that gets written<br>
> to Enzo output files, then the artifacts you're seeing are generated by<br>
> Enzo. yt is just plotting whatever is in your output files.<br>
><br>
> You should be able to see how Enzo generates this field by grepping the<br>
> codebase for "OutputSmoothedDarkMatter" and looking at the relevant code<br>
> sections. One key thing: I believe Enzo's CIC deposit machinery doesn't<br>
> handle grid boundary conditions properly, so and particles that should<br>
> contribute to the cells that are at a grid boundary will only contribute if<br>
> they are on one side of the grid boundary. This would lead to the deficits<br>
> you're seeing. I haven't looked at that code in a while so please excuse me<br>
> if I'm misremembering here.<br>
><br>
> Hope that's helpful,<br>
><br>
> Nathan<br>
><br>
> On Mon, Jun 15, 2015 at 9:59 AM, Junhwan Choi (최준환) <<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com" target="_blank">choi.junhwan@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Hi yt users,<br>
>><br>
>> I have asked a similar question previously but I did get partial<br>
>> answer so that I ask again.<br>
>> I have made cosmological IC from MUSIC and run with enzo.<br>
>> I made the DM density map with velocity arrow at z=200 which is<br>
>> initial redshift using yt (and attach the figure).<br>
>> It shows the wired square feature.<br>
>> Previously, John wise suggested me to use enzo SPH smoothing to remove<br>
>> this issue and it worked.<br>
>> But, after test a few more run, I have couple more fundamental<br>
>> questions on this issue.<br>
>><br>
>> 1) Is this wired square effect is real effect in enzo or visualization in<br>
>> yt?<br>
>>     If this is an intrinsic enzo effect, we can say that DM gravity<br>
>> calculation at high-z some kind of error.<br>
>>     If this is an visualization effect, I found that other enzo<br>
>> simulation using different IC generator does not show this effect (see<br>
>> question 2).<br>
>>     This difference makes me very confused.<br>
>><br>
>> 2) I tested with other IC generator and I do not see the wired square<br>
>> feature.<br>
>>     I found that other IC generator output real DM position while<br>
>> MUSIC IC generate displacement of DM particle position.<br>
>>     Can it be the origin of issue?<br>
>><br>
>><br>
>> I think this inquiry can go to enzo mailing list or MUSIC developer.<br>
>> If it is necessary, I can ask it to other place.<br>
>><br>
>> Thank you in advance,<br>
>> Junhwan<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div></div></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>