<div dir="ltr">If this is a plot of the Enzo "Dark_Matter_Density" field that gets written to Enzo output files, then the artifacts you're seeing are generated by Enzo. yt is just plotting whatever is in your output files.<div><br></div><div>You should be able to see how Enzo generates this field by grepping the codebase for "OutputSmoothedDarkMatter" and looking at the relevant code sections. One key thing: I believe Enzo's CIC deposit machinery doesn't handle grid boundary conditions properly, so and particles that should contribute to the cells that are at a grid boundary will only contribute if they are on one side of the grid boundary. This would lead to the deficits you're seeing. I haven't looked at that code in a while so please excuse me if I'm misremembering here.</div><div><br></div><div>Hope that's helpful,</div><div><br></div><div>Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 15, 2015 at 9:59 AM, Junhwan Choi (최준환) <span dir="ltr"><<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com" target="_blank">choi.junhwan@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi yt users,<br>
<br>
I have asked a similar question previously but I did get partial<br>
answer so that I ask again.<br>
I have made cosmological IC from MUSIC and run with enzo.<br>
I made the DM density map with velocity arrow at z=200 which is<br>
initial redshift using yt (and attach the figure).<br>
It shows the wired square feature.<br>
Previously, John wise suggested me to use enzo SPH smoothing to remove<br>
this issue and it worked.<br>
But, after test a few more run, I have couple more fundamental<br>
questions on this issue.<br>
<br>
1) Is this wired square effect is real effect in enzo or visualization in yt?<br>
    If this is an intrinsic enzo effect, we can say that DM gravity<br>
calculation at high-z some kind of error.<br>
    If this is an visualization effect, I found that other enzo<br>
simulation using different IC generator does not show this effect (see<br>
question 2).<br>
    This difference makes me very confused.<br>
<br>
2) I tested with other IC generator and I do not see the wired square feature.<br>
    I found that other IC generator output real DM position while<br>
MUSIC IC generate displacement of DM particle position.<br>
    Can it be the origin of issue?<br>
<br>
<br>
I think this inquiry can go to enzo mailing list or MUSIC developer.<br>
If it is necessary, I can ask it to other place.<br>
<br>
Thank you in advance,<br>
Junhwan<br>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>