<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr">When I run "h5ls -r" on the snapshot you shared with me off-list, I get the following:<div><br></div><div><div>goldbaum at ROUS in ~/Dropbox/Gadget_yt_test</div><div>○ h5ls -r snap_agora_100.hdf5</div><div>/                        Group</div><div>/Header                  Group</div><div>/PartType0               Group</div><div>/PartType0/ArtificialViscosity Dataset {2277264}</div><div>/PartType0/Coordinates   Dataset {2277264, 3}</div><div>/PartType0/Density       Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/ElectronAbundance Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/H2I           Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/H2II          Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HI            Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HII           Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HM            Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HeI           Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HeII          Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/HeIII         Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/InternalEnergy Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/NeutralHydrogenAbundance Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/ParticleIDs   Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/Potential     Dataset {2277264}</div><div>/PartType0/SmoothingLength Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType0/Velocities    Dataset {2277264, 3}</div><div>/PartType1               Group</div><div>/PartType1/Coordinates   Dataset {2277264, 3}</div><div>/PartType1/ParticleIDs   Dataset {2277264, 2}</div><div>/PartType1/Potential     Dataset {2277264}</div><div>/PartType1/Velocities    Dataset {2277264, 3}</div><div>/PartType5               Group</div><div>/PartType5/Coordinates   Dataset {3206474, 3}</div><div>/PartType5/Masses        Dataset {3206474, 2}</div><div>/PartType5/ParticleIDs   Dataset {3206474, 2}</div><div>/PartType5/Potential     Dataset {3206474}</div><div>/PartType5/Velocities    Dataset {3206474, 3}</div></div><div><br></div><div>It seems that many of the datasets are matrices with two rows rather than vectors.  Do you know where this is coming from?  I don't think I've seen a gadget hdf5 dataset with this structure before.</div><div><br></div><div>Is the data duplicated or has it just been arbitrarily split over two rows, which we should concatenate internally?</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Dec 14, 2014 at 4:34 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Sat, Dec 13, 2014 at 11:11 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> On Sat, Dec 13, 2014 at 8:58 PM, Junhwan Choi (최준환) <<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com">choi.junhwan@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Thank you Nathan,<br>
>><br>
>> I change Density to density and still experience the errors.<br>
>> I paste the error message on <a href="https://bpaste.net/show/bfff704acb9c" target="_blank">https://bpaste.net/show/bfff704acb9c</a><br>
>> However, I would like to see some basic documents regarding this<br>
>> issue, if there is any new tip for particle data dealing in yt.<br>
>> For example, I would like to know how to make dark matter density<br>
>> field and something more.<br>
><br>
><br>
> Hmm, I've never seen an error like this actually.  This looks like a yt bug.<br>
> All I can say based on the traceback is that this is happening at a low<br>
> level right after we read the data off disk.<br>
<br>
</span>Junhwan, what's happening is that your density field on disk is a<br>
vector, with two elements.  (Checking this with h5dump -r on one of<br>
your hdf5 files should verify that.)  If that's intentional, we'll<br>
need to come up with a way to break the uncertainty as to which one is<br>
the "right" one.  Could you send a link to a paste of h5dump -r on<br>
your output file?  The yt pastebin is back up.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
> Is there any chance you can share the dataset you're trying to load?  Your<br>
> dataset might be breaking an assumption we're making somewhere in the gadget<br>
> frontend. We've had a lot of success sharing big datasets on the mailing<br>
> list using Google drive or dropbox.<br>
><br>
> You can visualize the dark matter density (and most other particle fields)<br>
> using the deposition functionality.  Deposit fields are a special type of<br>
> field that yt computes by depositing particle quantities onto a mesh -<br>
> specifically an octree mesh for Gadget data.<br>
><br>
> There's some documentation for deposit fields in the field documentation<br>
> here:<br>
><br>
> <a href="http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/fields.html" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/fields.html</a><br>
><br>
> You can see a fully worked out example of how to use a deposition field in<br>
> this notebook:<br>
><br>
> <a href="http://yt-project.org/docs/dev/examining/generic_particle_data.html?highlight=generic%20particle%20data" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev/examining/generic_particle_data.html?highlight=generic%20particle%20data</a><br>
><br>
> There's also this notebook specifically about gadget data:<br>
><br>
> <a href="http://yt-project.org/docs/dev/cookbook/gadget_notebook.html?highlight=gadget" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev/cookbook/gadget_notebook.html?highlight=gadget</a><br>
><br>
>><br>
>><br>
>> Thank you,<br>
>> Junhwan<br>
>><br>
>> On Sat, Dec 13, 2014 at 10:51 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On Sat, Dec 13, 2014 at 8:48 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> On Sat, Dec 13, 2014 at 8:46 PM, Junhwan Choi (최준환)<br>
>> >> <<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com">choi.junhwan@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >>><br>
>> >>> Hi yt users and developers:<br>
>> >>><br>
>> >>> I try to use yt to visualize my gadget output (hdf5 format).<br>
>> >>> I made following simple script:<br>
>> >>> ========================<br>
>> >>> import matplotlib as matplotlib<br>
>> >>> matplotlib.use('Agg')<br>
>> >>> import matplotlib.pylab as pylab<br>
>> >>> import yt<br>
>> >>><br>
>> >>> ds = yt.load("snap_agora_100.hdf5")<br>
>> >>><br>
>> >>> print ds.field_list<br>
>> >>> print ds.derived_field_list<br>
>> >>><br>
>> >>> pc = yt.ProjectionPlot(ds, "x", ('gas', 'Density'))<br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> I think it will work if you use ('gas', 'density')<br>
>> >><br>
>> >> (note the lower-case D)<br>
>> >><br>
>> >> If that doesn't work, can you pastebin the error you're seeing, along<br>
>> >> with<br>
>> >> the traceback?  We have <a href="http://paste.yt-project.org" target="_blank">paste.yt-project.org</a> for this purpose.<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > Which is unfortunately down at the moment - <a href="http://bpaste.net" target="_blank">bpaste.net</a> or<br>
>> > <a href="http://gist.github.com" target="_blank">gist.github.com</a><br>
>> > are good alternatives.<br>
>> ><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >>><br>
>> >>> pc.save("gadget")<br>
>> >>> ==========================<br>
>> >>> But it results in unknown error messages.<br>
>> >>> And, I have searched some documents for yt for gadget, but there is<br>
>> >>> also nothing I can find.<br>
>> >>> Is there any yt gadget documents I can consult ?<br>
>> >>> I have used yt for my enzo simulation analysis.<br>
>> >>><br>
>> >>> Thanks in advance,<br>
>> >>> Junhwan Choi<br>
>> >>> _______________________________________________<br>
>> >>> yt-users mailing list<br>
>> >>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div></div>