<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 13, 2014 at 8:58 PM, Junhwan Choi (최준환) <span dir="ltr"><<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com" target="_blank">choi.junhwan@gmail.com</a>></span> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Thank you Nathan,<br>
<br>
I change Density to density and still experience the errors.<br>
I paste the error message on <a href="https://bpaste.net/show/bfff704acb9c" target="_blank">https://bpaste.net/show/bfff704acb9c</a><br>
However, I would like to see some basic documents regarding this<br>
issue, if there is any new tip for particle data dealing in yt.<br>
For example, I would like to know how to make dark matter density<br>
field and something more.<br></blockquote><div><br></div><div>Hmm, I've never seen an error like this actually.  This looks like a yt bug.  All I can say based on the traceback is that this is happening at a low level right after we read the data off disk.</div><div><br></div><div>Is there any chance you can share the dataset you're trying to load?  Your dataset might be breaking an assumption we're making somewhere in the gadget frontend. We've had a lot of success sharing big datasets on the mailing list using Google drive or dropbox.</div><div><br></div><div>You can visualize the dark matter density (and most other particle fields) using the deposition functionality.  Deposit fields are a special type of field that yt computes by depositing particle quantities onto a mesh - specifically an octree mesh for Gadget data.</div><div><br></div><div>There's some documentation for deposit fields in the field documentation here:</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/fields.html">http://yt-project.org/docs/dev/analyzing/fields.html</a></div><div><br></div><div>You can see a fully worked out example of how to use a deposition field in this notebook:</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/examining/generic_particle_data.html?highlight=generic%20particle%20data">http://yt-project.org/docs/dev/examining/generic_particle_data.html?highlight=generic%20particle%20data</a><br></div><div><br></div><div>There's also this notebook specifically about gadget data:</div><div><br></div><div><a href="http://yt-project.org/docs/dev/cookbook/gadget_notebook.html?highlight=gadget">http://yt-project.org/docs/dev/cookbook/gadget_notebook.html?highlight=gadget</a><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<br>
Thank you,<br>
Junhwan<br>
<div class=""><div class="h5"><br>
On Sat, Dec 13, 2014 at 10:51 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> On Sat, Dec 13, 2014 at 8:48 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On Sat, Dec 13, 2014 at 8:46 PM, Junhwan Choi (최준환)<br>
>> <<a href="mailto:choi.junhwan@gmail.com">choi.junhwan@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi yt users and developers:<br>
>>><br>
>>> I try to use yt to visualize my gadget output (hdf5 format).<br>
>>> I made following simple script:<br>
>>> ========================<br>
>>> import matplotlib as matplotlib<br>
>>> matplotlib.use('Agg')<br>
>>> import matplotlib.pylab as pylab<br>
>>> import yt<br>
>>><br>
>>> ds = yt.load("snap_agora_100.hdf5")<br>
>>><br>
>>> print ds.field_list<br>
>>> print ds.derived_field_list<br>
>>><br>
>>> pc = yt.ProjectionPlot(ds, "x", ('gas', 'Density'))<br>
>><br>
>><br>
>> I think it will work if you use ('gas', 'density')<br>
>><br>
>> (note the lower-case D)<br>
>><br>
>> If that doesn't work, can you pastebin the error you're seeing, along with<br>
>> the traceback?  We have <a href="http://paste.yt-project.org" target="_blank">paste.yt-project.org</a> for this purpose.<br>
><br>
><br>
> Which is unfortunately down at the moment - <a href="http://bpaste.net" target="_blank">bpaste.net</a> or <a href="http://gist.github.com" target="_blank">gist.github.com</a><br>
> are good alternatives.<br>
><br>
>><br>
>><br>
>>><br>
>>> pc.save("gadget")<br>
>>> ==========================<br>
>>> But it results in unknown error messages.<br>
>>> And, I have searched some documents for yt for gadget, but there is<br>
>>> also nothing I can find.<br>
>>> Is there any yt gadget documents I can consult ?<br>
>>> I have used yt for my enzo simulation analysis.<br>
>>><br>
>>> Thanks in advance,<br>
>>> Junhwan Choi<br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> yt-users mailing list<br>
>>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div></div></div>