<div dir="ltr"><div><div><div><div>P.S sorry if I sent the same email twice.. this is the actual email... accidental press send before I sent the email out.<br></div><div><br>Hello everyone.<br><br>I am currently using YT to run rockstar on my simulation.<br><br></div><div>I have been following the instructions which are around and about and have managed to write a script to run rockstar via MPI<br></div><div><br>readers = int(ncpu/4.)<br>#Reserve one cpu for the server<br>writers = ncpu - readers - 1<br>print 'Running rockstar with %i writers and %i readers'%(writers, readers)<br>rh = RockstarHaloFinder(es, num_readers=readers, num_writers=writers,<br>                        particle_type="dark_matter", dm_only=True)<br>rh.run()<br><br></div><div>using a particle filter on the datasets<br><br>@yt.particle_filter("dark_matter", requires=[('particle_mass')])<br>def dark_matter(pfilter, data):<br>        if ('all', 'particle_age') in data.ds.field_list:<br>                return data[("all", "particle_age")] == 0.0<br>        else:<br>                arr = np.zeros(len(data['particle_mass']))<br>                return arr == 0.0<br><br>def setup_ds(ds):<br>        #Return only dark matter particles, and assert that the filter holds<br>        print 'Here'<br>        assert(ds.add_particle_filter("dark_matter"))<br><br><br></div>It seems to run fine.... e.g<br><br><br>[   111s] Sending projection requests...<br>[   112s] Transferring particles to writers...<br>[   116s] Analyzing for FoF groups...<br>[   116s] Transferring boundary particles between writers...<br>[   117s] Linking boundary particles...<br>[   117s] Analyzing for halos / subhalos...<br>[   119s] Loading merger tree information...<br>[   120s] Constructing merger tree...<br>[   121s] [Success] Done with snapshot 7.<br>[   121s] Reading 6 blocks for snapshot 8...<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,101 Loading field plugins.<br>P002 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,101 Loading field plugins.<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,101 Loaded angular_momentum (8 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,101 Loaded astro (14 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,102 Loaded cosmology (20 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,102 Loaded fluid (56 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,103 Loaded fluid_vector (88 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,103 Loaded geometric (102 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,103 Loaded local (102 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,104 Loaded magnetic_field (108 new fields)<br>P001 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,104 Loaded species (108 new fields)<br>P006 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,127 Loading field plugins.<br>P005 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,128 Loading field plugins.<br>P003 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,128 Loading field plugins.<br>P004 yt : [INFO     ] 2014-10-03 16:19:28,135 Loading field plugins.<br>[   129s] Sending projection requests...<br>[   130s] Transferring particles to writers...<br>[   132s] Analyzing for FoF groups...<br>[   133s] Transferring boundary particles between writers...<br>[   133s] Linking boundary particles...<br>[   134s] Analyzing for halos / subhalos...<br>[   137s] Loading merger tree information...<br>[   138s] Constructing merger tree...<br>[   139s] [Success] Done with snapshot 8.<br>[   139s] Reading 6 blocks for snapshot 9...<br>[   143s] Sending projection requests...<br>[   144s] Transferring particles to writers...<br>[   146s] Analyzing for FoF groups...<br>[   147s] Transferring boundary particles between writers...<br>[   147s] Linking boundary particles...<br>[   148s] Analyzing for halos / subhalos...<br>[   150s] Loading merger tree information...<br>[   151s] Constructing merger tree...<br>[   152s] Constructing merger tree...<br>[   153s] [Success] Done with snapshot 9.<br>[   153s] [Finished]<br><br></div>generates the outputs<br><br><br>halos_0.0.ascii    halos_1.14.bin    halos_2.4.ascii   halos_3.9.bin     halos_5.14.ascii  halos_6.3.bin     halos_7.9.ascii   halos_9.13.bin<br>halos_0.0.bin      halos_1.15.ascii  halos_2.4.bin     halos_4.0.ascii   halos_5.14.bin    halos_6.4.ascii   halos_7.9.bin     halos_9.14.ascii<br>halos_0.10.ascii   halos_1.15.bin    halos_2.5.ascii   halos_4.0.bin     halos_5.15.ascii  halos_6.4.bin     halos_8.0.ascii   halos_9.14.bin<br>halos_0.10.bin     halos_1.16.ascii  halos_2.5.bin     halos_4.10.ascii  halos_5.15.bin    halos_6.5.ascii   halos_8.0.bin     halos_9.15.ascii<br>halos_0.11.ascii   halos_1.16.bin    halos_2.6.ascii   halos_4.10.bin    halos_5.16.ascii  halos_6.5.bin     halos_8.10.ascii  halos_9.15.bin<br><br><br></div>but they are all empty.... yet within profiling, it seems to imply that there were some particles submitted to be analised<br><br><br>[Prof] S0,C0 0s: 10191 fofs, 123365 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S0,C0: 0p,0h,0w; wt:0s; rcv:0s,0s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S1,C0 0s: 10377 fofs, 123363 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S1,C0: 1814p,73h,1w; wt:1s; rcv:0s,0s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S2,C0 0s: 9843 fofs, 123353 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S2,C0: 5115p,139h,1w; wt:1s; rcv:0s,0s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S3,C0 0s: 9616 fofs, 123359 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S3,C0: 9637p,221h,1w; wt:1s; rcv:0s,0s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S4,C0 1s: 9256 fofs, 123367 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S4,C0: 14849p,314h,1w; wt:0s; rcv:0s,1s; snd:0s; wk:0s; idl:0s<br>[Prof] S5,C0 0s: 9233 fofs, 123361 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S5,C0: 17771p,369h,1w; wt:0s; rcv:0s,0s; snd:1s; wk:0s; idl:0s<br>[Prof] S6,C0 0s: 8964 fofs, 123365 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S6,C0: 19888p,388h,1w; wt:0s; rcv:0s,1s; snd:0s; wk:0s; idl:0s<br>[Prof] S7,C0 0s: 8996 fofs, 123356 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S7,C0: 22352p,426h,1w; wt:0s; rcv:0s,1s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S8,C0 0s: 8801 fofs, 123361 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S8,C0: 22553p,441h,1w; wt:0s; rcv:0s,1s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br>[Prof] S9,C0 1s: 8806 fofs, 123361 particles, 0s for conf.<br>[Prof] S9,C0: 22685p,440h,1w; wt:0s; rcv:0s,1s; snd:0s; wk:0s; idl:1s<br><br><br></div>Is there anything I should consider looking at to debug this problem? Any suggestions of what to look at?<br><br>Thanks<br><br>Ben<br><div><div><br><br><div><br><br></div></div></div></div>