<div dir="ltr">Ok thanks Matt, though this will read the entire block 0 --> nblocks? It did work. Thanks. Not sure why this is different, as the code worked before I went away... :/<div><br></div><div>BG</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 1, 2014 at 3:28 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Brendan,<br>
<br>
Try supplying the first one -- "snap_000.0.hdf5".<br>
<br>
-Matt<br>
<br>
On Tue, Jul 1, 2014 at 2:25 PM, Brendan Griffen<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><<a href="mailto:brendan.f.griffen@gmail.com">brendan.f.griffen@gmail.com</a>> wrote:<br>
> It certainly exists:<br>
><br>
> bigbang% pwd<br>
><br>
> /bigbang/data/AnnaGroup/caterpillar/parent/gL100X10/outputs/snapdir_000<br>
><br>
> bigbang% ls<br>
><br>
> ...<br>
><br>
> snap_000.156.hdf5  snap_000.213.hdf5  snap_000.40.hdf5   snap_000.99.hdf5<br>
><br>
> snap_000.157.hdf5  snap_000.214.hdf5  snap_000.41.hdf5   snap_000.9.hdf5<br>
><br>
> It seesm to load but not contain anything:<br>
><br>
> In [15]: data =<br>
> ytf.sph.GadgetHDF5Dataset(basepath+ext,dataset_type='gadget_hdf5')<br>
><br>
> Out[15]: snap_000<br>
><br>
><br>
><br>
> On Tue, Jul 1, 2014 at 3:05 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Does the file<br>
>> /bigbang/data/AnnaGroup/caterpillar/parent/gL100X10/outputs/snapdir_000/snap_000<br>
>> exist?<br>
>><br>
>> What happens when you try to load it with GadgetHDF5Dataset instead of the<br>
>> load function?<br>
>><br>
>> The load function uses the _is_valid methods that are defined on each of<br>
>> the Dataset subclasses to determine the appropriate output type - that's<br>
>> usually the first place to look for things going wrong with loading<br>
>> datasets.<br>
>><br>
>><br>
>> On Tue, Jul 1, 2014 at 12:00 PM, Brendan Griffen<br>
>> <<a href="mailto:brendan.f.griffen@gmail.com">brendan.f.griffen@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi,<br>
>>><br>
>>> I'm trying to construct the cic mesh for Gadget HDF5 snapshots and I have<br>
>>> the following:<br>
>>><br>
>>> import yt<br>
>>><br>
>>> from yt.mods import *<br>
>>><br>
>>> unit_base = {'UnitLength_in_cm'         : 3.08568e+21,<br>
>>><br>
>>>              'UnitMass_in_g'            :   1.989e+43,<br>
>>><br>
>>>              'UnitVelocity_in_cm_per_s' :      100000}<br>
>>><br>
>>> pf = load(basepath+ext, unit_base = unit_base, bounding_box = bbox)<br>
>>><br>
>>> Except I get the error:<br>
>>><br>
>>> --> 165             pf = load(basepath+ext, unit_base = unit_base,<br>
>>> bounding_box = bbox)<br>
>>><br>
>>> /bigbang/data/bgriffen/lib/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/convenience.pyc in<br>
>>> load(*args, **kwargs)<br>
>>><br>
>>>      73         mylog.error("None of the arguments provided to load() is<br>
>>> a valid file")<br>
>>><br>
>>>      74         mylog.error("Please check that you have used a correct<br>
>>> path")<br>
>>><br>
>>> ---> 75         raise YTOutputNotIdentified(args, kwargs)<br>
>>><br>
>>>      76     for n, c in output_type_registry.items():<br>
>>><br>
>>>      77         if n is None: continue<br>
>>><br>
>>> YTOutputNotIdentified: Supplied<br>
>>> ('/bigbang/data/AnnaGroup/caterpillar/parent/gL100X10/outputs/snapdir_000/snap_000',)<br>
>>> {'bounding_box': array([[   0.        ,  149.00908955],<br>
>>><br>
>>>        [   0.        ,  149.00908955],<br>
>>><br>
>>>        [   0.        ,  149.00908955]]), 'unit_base':<br>
>>> {'UnitVelocity_in_cm_per_s': 100000, 'UnitLength_in_cm': 3.08568e+21,<br>
>>> 'UnitMass_in_g': 1.989e+43}}, but could not load!<br>
>>><br>
>>> Thanks.<br>
>>><br>
>>> BG<br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> yt-users mailing list<br>
>>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>