<div dir="ltr">That seems to have worked. Thanks for the help!</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 14, 2014 at 2:06 AM, Kacper Kowalik <span dir="ltr"><<a href="mailto:xarthisius.kk@gmail.com" target="_blank">xarthisius.kk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On 05/13/2014 10:09 PM, Kaylea Nelson wrote:<br>
> Cool, that seems to have run ok! But it didn't generate the bin/activate<br>
> script?<br>
<br>
</div>Unfortunately it didn't. I've pasted the activate script on pastebin[1]<br>
so you can download it manually. There's only one line you need to edit:<br>
<br>
VIRTUAL_ENV="/home/xarth/yt-x86_64"<br>
<br>
you'll need to change path so that it points to your yt-x86_64 dir.<br>
<br>
Activate script really boils down to exporting PATH, LD_LIBRARY_PATH,<br>
PYTHONPATH. You could also use the same 'export' snippet that you've<br>
needed for installation and put it into your .bashrc to have yt<br>
activated permanently.<br>
<br>
Cheers,<br>
Kacper<br>
<br>
[1] <a href="http://paste.yt-project.org/show/4620/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/4620/</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
> On Tue, May 13, 2014 at 3:21 PM, Kacper Kowalik <<a href="mailto:xarthisius.kk@gmail.com">xarthisius.kk@gmail.com</a>>wrote:<br>
><br>
>> On 13.05.2014 20:00, Kaylea Nelson wrote:<br>
>>> Hi Matt,<br>
>><br>
>>> Failure.  Check<br>
>>><br>
>> /home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64/yt_install.log.<br>
>>>  The last 10 lines are above.<br>
>>><br>
>>><br>
>>> On a related note, whenever I install either version, the install also<br>
>>> fails when installing ZeroMQ:<br>
>>><br>
>>> Installing mercurial-3.0<br>
>>> Setting<br>
>>><br>
>> YT_DIR=/home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64/src/yt-hg/<br>
>>> Installing distribute<br>
>>> Installing pip<br>
>>> Installing numpy-1.7.1<br>
>>> Installing matplotlib-1.3.0<br>
>>> Installing ZeroMQ<br>
>>> ********************************************<br>
>>>         FAILURE REPORT:<br>
>>> ********************************************<br>
>>><br>
>>>   CXX    libzmq_la-ipc_address.lo<br>
>>>   CXX    libzmq_la-ipc_connecter.lo<br>
>>> stream_engine.hpp(97): error #82: storage class is not first<br>
>>>           const static size_t greeting_size = 12;<br>
>>>                 ^<br>
>>><br>
>>> compilation aborted for ipc_connecter.cpp (code 2)<br>
>>> make[1]: *** [libzmq_la-ipc_connecter.lo] Error 1<br>
>>> make[1]: Leaving directory<br>
>>><br>
>> `/lustre/home/client/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64/src/zeromq-3.2.4/src'<br>
>>> make: *** [install-recursive] Error 1<br>
>>><br>
>>> ********************************************<br>
>>> ********************************************<br>
>>> Failure.  Check<br>
>>><br>
>> /home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64/yt_install.log.<br>
>>>  The last 10 lines are above.<br>
>>><br>
>>> But I just fix the const static to static const in stream_engine.hpp and<br>
>> it<br>
>>> gets past that particular error (in the stable version anyway). Let me<br>
>> know<br>
>>> if I shouldn't be messing with that.<br>
>>><br>
>>> Actually, it appears to get YT_DIR the correctly the first time through,<br>
>>> but when I restart it after fixing the ZeroMQ bug, it fails to set<br>
>> YT_DIR.<br>
>>> So, just to be extra thorough, I tried manually setting YT_DIR on l.54 to<br>
>>><br>
>> /home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64/src/yt-hg/<br>
>>> (as it was set the first time). If I do this, it gets past the above<br>
>> error<br>
>>> and I ultimately get the same error as for the stable version (the<br>
>> original<br>
>>> reason of this email):<br>
>>><br>
>>> [hit enter]<br>
>>><br>
>>> Awesome!  Here we go.<br>
>>><br>
>>> Using wget<br>
>>> Using sha512sum<br>
>>> Downloading xray_emissivity.h5 from <a href="http://yt-project.org" target="_blank">yt-project.org</a><br>
>>> Installing distribute<br>
>>> Installing pip<br>
>>> Installing ZeroMQ<br>
>>> Installing pyzmq-13.1.0 (arguments:<br>
>>> '--zmq=/home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64')<br>
>>> Installing tornado-3.1<br>
>>> Installing ipython-1.1.0<br>
>>> Installing h5py-2.1.3<br>
>>> Installing Cython-0.19.1<br>
>>> Installing Forthon-0.8.11<br>
>>> Installing nose-1.3.0<br>
>>> Installing python-hglib-1.0<br>
>>> Installing sympy-0.7.3<br>
>><br>
>> Hi Kaylea!<br>
>><br>
>> [snip]<br>
>>> Doing yt update, wiping local changes and updating to branch yt-3.0<br>
>>> Installing yt<br>
>><br>
>> [snip]<br>
>><br>
>> at this point you should have everything that's required to build yt.<br>
>> Let's try to install it manually outside of the install_script.sh.<br>
>> Setting following env vars should do the trick:<br>
>><br>
>> export<br>
>> YT_DIR=/home/fas/nagai/kln26/programs/yt_dir/yt_bleedingedge/yt-x86_64<br>
>> export PATH=$YT_DIR/bin:$PATH<br>
>> export LD_LIBRARY_PATH=$YT_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH<br>
>> export PYTHONPATH=$YT_DIR/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH<br>
>> export HDF5_DIR=$YT_DIR<br>
>> export PNG_DIR=$YT_DIR<br>
>><br>
>> then<br>
>><br>
>> cd $YT_DIR/src/yt-hg<br>
>> hg update -C yt-3.0<br>
>> python setup.py install --prefix=$YT_DIR<br>
>><br>
>> Could you please try it out? In the mean time I'll try to setup Red Hat<br>
>> 6 based environment to reproduce your issue.<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>> Kacper<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>><br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
<br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>