<div dir="ltr">Ok thanks.  I am indeed looking at a cosmology simulation; I am trying to locate the dark matter filaments in the simulation, using the ORIGAMI code, and am essentially trying to use YT to confirm that the filament particles are appropriately identified.  I hope that makes things clearer?<div>
<br></div><div>Andrew Weis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Mar 2, 2014 at 8:07 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On Sun, Mar 2, 2014 at 4:32 PM, Andrew Weis <<a href="mailto:aweis@astro.columbia.edu">aweis@astro.columbia.edu</a>> wrote:<br>

> Sorry for the delayed reply.  I had forgotten that step, as it turns out.<br>
> Thank you for those links.  I activated the installation, and endeavored to<br>
> follow the steps at<br>
> <a href="http://nbviewer.ipython.org/url/hub.yt-project.org/notebooks/e209c55b6aaa4a9ab12c55422bb3afdc.ipynb" target="_blank">http://nbviewer.ipython.org/url/hub.yt-project.org/notebooks/e209c55b6aaa4a9ab12c55422bb3afdc.ipynb</a><br>

><br>
> Most of the steps appeared to work, but when I tried to display the<br>
> projection plot with pw.show(), nothing appeared.<br>
<br>
</div>Were you running those steps inside of an IPython notebook?  If so,<br>
what happens when you add '%matplotlib inline' to the top of the<br>
notebook?<br>
<br>
If you weren't running of a notebook, that is the expected behavior.<br>
You can save the plot to disk using pw.save() instead.<br>
<div class=""><br>
> I think the issue may lie<br>
> with the definition of center; is the definition on the website a general<br>
> definition, or specific to one simulation?  I am referring to the lines:<br>
><br>
> # This is where the halo appears to be centered, although the halo center on<br>
> the Agora website is somewhat different<br>
><br>
><br>
> center=np.array([29.754, 32.1, 28.29])<br>
><br>
><br>
> What do these numbers mean?  It is possible they may be different for my<br>
> simulations, I would think, but how do we know that a particular halo is<br>
> centered there?  Thanks again,<br>
><br>
<br>
</div>My guess is that Matt chose those as the location of an interesting<br>
halo in the dataset he was looking at.  You will need to supply a<br>
different center if you are looking at a different dataset.<br>
<br>
If you're looking at a cosmology simulation, you will need to run a<br>
halo finder to get the positions of the halos you want to look at.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
> Andrew Weis<br>
><br>
><br>
><br>
> On Tue, Feb 25, 2014 at 3:16 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Did you 'activate' the yt installation?  The install script builds an<br>
>> isolated environment using its own python interpreter.<br>
>><br>
>> More detail here:<br>
>><br>
>> <a href="http://yt-project.org/docs/dev/installing.html#activating-your-installation" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev/installing.html#activating-your-installation</a><br>
>><br>
>> The load function is in convenience.py:<br>
>><br>
>> <a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/src/61e6b84f875cc8fcf25b5b1e67ddd501a19daf68/yt/convenience.py?at=yt#cl-29" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/src/61e6b84f875cc8fcf25b5b1e67ddd501a19daf68/yt/convenience.py?at=yt#cl-29</a><br>

>><br>
>> Cheers,<br>
>><br>
>> Nathan<br>
>><br>
>> On Tue, Feb 25, 2014 at 12:03 PM, Andrew Philip Weis<br>
>> <<a href="mailto:apw2133@columbia.edu">apw2133@columbia.edu</a>> wrote:<br>
>> > Thank you for the detailed response, Nathan.  To clarify, this is the YT<br>
>> > method paper?<br>
>> > <a href="http://iopscience.iop.org/0067-0049/192/1/9/pdf/0067-0049_192_1_9.pdf" target="_blank">http://iopscience.iop.org/0067-0049/192/1/9/pdf/0067-0049_192_1_9.pdf</a><br>
>> ><br>
>> > Does the fact that these simulations only contain dark matter affect<br>
>> > what<br>
>> > you say at all?<br>
>> ><br>
>> > I will probably have more questions in the near future; at the moment,<br>
>> > though, I am confused about where in the source code to find certain<br>
>> > functions.  For instance, the load function appears to be called after<br>
>> > we<br>
>> > do:<br>
>> ><br>
>> > from yt.mods import *<br>
>> ><br>
>> > but when I try this line in the terminal, I get an error that says there<br>
>> > is<br>
>> > "no module named yt.mods."  Why might this be?  I downloaded and<br>
>> > installed<br>
>> > the source code from:<br>
>> > <a href="http://hg.yt-project.org/yt/raw/yt-3.0/doc/install_script.sh" target="_blank">http://hg.yt-project.org/yt/raw/yt-3.0/doc/install_script.sh</a>   but I<br>
>> > cannot<br>
>> > find yt.mods or yt/frontends.  Where would those be?  Is there further<br>
>> > software I may need to install?  Thanks again,<br>
>> ><br>
>> > Andrew Weis<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On Mon, Feb 24, 2014 at 4:58 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Hi Andrew,<br>
>> >><br>
>> >> Thanks for writing.  I'm responding since I've had some experience<br>
>> >> working with yt's SPH frontends.  Matt and others might have more<br>
>> >> information as well.<br>
>> >><br>
>> >> Support for Gadget data is still not finished.  In the yt-3.0 branch<br>
>> >> of the development repository, you'll should be able to load the data<br>
>> >> and do some basic visualization and analysis tasks.  The data is<br>
>> >> available both in its raw form as particles and also by depositing the<br>
>> >> particle data onto an octree and then visualization and analyzing the<br>
>> >> octree. The first notebook you linked to describes the basic of<br>
>> >> loading, visualizating, and analyzing SPH data.<br>
>> >><br>
>> >> If you want to work with a more stable codebase (although one that is<br>
>> >> not being actively developed) you should be able to do many analysis<br>
>> >> and viz tasks using the yt-3.0 branch of the main development<br>
>> >> repository: <a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt</a><br>
>> >><br>
>> >> The 3.0 branch was a big refactoring of the underlying data selection<br>
>> >> algorithms yt uses to load data off disk.  This made it possible to<br>
>> >> present the same user interface for visualizing datasets from particle<br>
>> >> codes like Gadget, octree AMR codes like Ramses, and patch-based AMR<br>
>> >> codes like Enzo.<br>
>> >><br>
>> >> Support for SPH smoothing is available in a separate repository.  In<br>
>> >> this experimental development repository we've refactored the code to<br>
>> >> use a symbolic units library to handle unit conversions and detect<br>
>> >> code bugs using dimensional analysis.  We've also completely<br>
>> >> refactored the way frontends are written and fields are set up and<br>
>> >> detected.<br>
>> >><br>
>> >> If you want to dive in to the code, I'd suggest starting with the<br>
>> >> experimental version of yt.  This may be a bit more rocky at first -<br>
>> >> there might be bugs - but will be more rewarding in the end as this is<br>
>> >> the direction the codebase is going.  The work is ongoing in the<br>
>> >> yt-3.0 branch on Matt Turk's fork of yt:<br>
>> >> <a href="https://bitbucket.org/MatthewTurk/yt" target="_blank">https://bitbucket.org/MatthewTurk/yt</a><br>
>> >><br>
>> >> In both cases there is unfortunately not a lot of documentation at the<br>
>> >> moment.  This is something that we're working on right now.  Mailing<br>
>> >> list archives as well as the YTEP listing<br>
>> >> (<a href="http://ytep.readthedocs.org/" target="_blank">http://ytep.readthedocs.org/</a>) might prove to be useful.<br>
>> >><br>
>> >> As for your questions about yt internals, I've written some basic<br>
>> >> description below.  I would also encourage you to read the yt method<br>
>> >> paper and to take a look YTEP-0001 and YTEP-0005, which describe the<br>
>> >> new geometry system.<br>
>> >><br>
>> >> The basic data structure yt uses to represent an on-disk dataset is<br>
>> >> the StaticOutput class.  The SPH frontend defines a GadgetStaticOutput<br>
>> >> class as well as a GadgetHDF5StaticOutput subclass to represent HDF5<br>
>> >> Gadget datasets.  You can create a new StaticOutput instance using the<br>
>> >> 'load' function or by directly instantiating an instance of a<br>
>> >> StaticOutput subclass defined in one of the frontends.  You'll need to<br>
>> >> look at the parameters of the __init__ method to figure out exactly<br>
>> >> how to load the data. For Gadget, the 'load' convenience function only<br>
>> >> works with HDF5 datasets, so if you are have data written in Gadget's<br>
>> >> binary format, you'll need to load your data by calling<br>
>> >> GadgetStaticOutput directly.<br>
>> >><br>
>> >> StaticOutput instances have as an attribute an instance of<br>
>> >> GeometryHandler.  This class handles the indexing and selection of<br>
>> >> data.  This is really the heart of yt's hard-core numerics, and is<br>
>> >> written in a way that is very accessible at a high level.  If you want<br>
>> >> to dive into the algorithms, I think it would help to look over the<br>
>> >> GeometryHandler class as well as its subclass the<br>
>> >> ParticleGeometryHandler.  That said, yt's interface is more or less<br>
>> >> agnostic to the underlying algorithm used to index the data.<br>
>> >><br>
>> >> Do you have specific questions about how to load and visualize your<br>
>> >> datasets?<br>
>> >><br>
>> >> Hope that's helpful and not too much of a manifesto :)<br>
>> >><br>
>> >> -Nathan<br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> yt-users mailing list<br>
>> >> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> >> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>