Hi Britton,<div><br></div><div>On my machine it will tell me line numbers in the .C file if a crash happens inside a .so file, even if it's called from python.  I'm not sure how to get that information on your system without knowing more about your setup.  </div>
<div><br></div><div>PDB doesn't know about C extensions so that won't be helpful unfortunately.</div><div><br></div><div>If you're running serially you should be able to run python under gdb and get a traceback that way.  I'm not sure how to do that for parallel runs.<span></span></div>
<div><br></div><div>This page might be helpful: <a href="http://docs.cython.org/src/userguide/debugging.html">http://docs.cython.org/src/userguide/debugging.html</a><br></div><div><br></div><div>Nathan</div><div><br>On Thursday, February 27, 2014, Britton Smith <<a href="mailto:brittonsmith@gmail.com">brittonsmith@gmail.com</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Nathan,<div><br></div><div>I'm having a hard time getting a traceback that goes into the QuadTree source.  The seg fault I get stops at QuadTree.so.  Is there a way to recompile this in debug mode to get some more information?  It doesn't look like pdb is able to step into QuadTree either.</div>

<div><br></div><div>Britton</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 27, 2014 at 5:22 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','nathan12343@gmail.com');" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Britton,<div><br></div><div>Can you get a traceback from the seg fault?  It would help to see the line number in the autogenerated QuadTree.c where the crash happens.  Autogenerated C files produced by cython<span></span> reproduce the original .pyx files line by line as comments so it's usually pretty easy to back out where the crash is happening in the original Pyrex file.</div>

<span><font color="#888888">
<div><br></div></font></span><div><span><font color="#888888">Nathan</font></span><div><div><br><br>On Thursday, February 27, 2014, Britton Smith <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','brittonsmith@gmail.com');" target="_blank">brittonsmith@gmail.com</a>> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm trying to make projections of a rather large Enzo dataset and getting a segfault somewhere in Quadtree.so.  This dataset is ~230 GB in size with 27 levels of AMR.  As far as I can tell, the only hard coded limit I could find in QuadTree.pyx is for 80 levels, which I am clearly below.  Does anyone familiar with this part of the code have any idea if there are any other hard-coded limits in here that I might be exceeding?  If not, does anyone have any advice for how I might debug this?  I'm seeing this behavior in both yt-2.x and yt-3.0, so it does seem to be something intrinsic to the quadtree code.</div>



<div><br></div><div>Thanks!</div><div>Britton</div></div>
</blockquote></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','yt-users@lists.spacepope.org');" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>