Hi Andrew,<div><br></div><div>Unfortunately I'm not sure what the issue is.</div><div><br></div><div>You might try asking this question on StackOverflow (tagging it with IPython and ZMQ) <span></span>or the IPython-dev mailing list, some of the ZMQ/IPy devs will be more likely to see it.</div>
<div><br></div><div>Nathan<br><div><br>On Saturday, February 1, 2014, Andrew Myers <<a href="mailto:atmyers2@gmail.com">atmyers2@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi Folks,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I'm trying to install the development version of yt-2.7 on NERSC's Hopper machine using the install script. I get to the part where it tries to build IPython, and then the script fails with the following error message:</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><blockquote style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div>============================================================================</div>

<div>BUILDING IPYTHON</div><div>                python: 2.7.6 (default, Jan 31 2014, 21:52:04)  [GCC 4.8.1</div><div>                        20130531 (Cray Inc.)]</div><div>              platform: linux2</div><div><br></div>

<div>OPTIONAL DEPENDENCIES</div><div>                sphinx: Not found (required for docs and nbconvert)</div><div>              pygments: Not found (required for docs and nbconvert)</div><div>                  nose: 1.3.0</div>

<div>               pexpect: no (required for running standalone doctests)</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "setup.py", line 342, in <module></div><div>    check_for_dependencies()</div>

<div>  File "/global/u2/a/atmyers/yt-x86_64/src/ipython-1.1.0/setupbase.py", line 376, in check_for_dependencies</div><div>    check_for_pyzmq()</div><div>  File "/global/u2/a/atmyers/yt-x86_64/src/ipython-1.1.0/setupext/setupext.py", line 118, in check_for_pyzmq</div>

<div>    import zmq</div><div>  File "/global/homes/a/atmyers/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/zmq/__init__.py", line 35, in <module></div><div>    _libzmq = ctypes.CDLL(bundled[0], mode=ctypes.RTLD_GLOBAL)</div>

<div>  File "/global/homes/a/atmyers/yt-x86_64/lib/python2.7/ctypes/__init__.py", line 365, in __init__</div><div>    self._handle = _dlopen(self._name, mode)</div><div>OSError: /global/homes/a/atmyers/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/zmq/libzmq.so: undefined symbol: clock_gettime</div>

<div><br></div></blockquote><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Both ZeroMQ and pyzmq appear to have been installed without errors, but then ZeroMQ can't find some of the definitions it needs. Googling around, it looks like clock_gettime is supposed to be found in librt. </span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">

<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Has anyone seen this before? Or, relatedly, has anyone been able to build yt on the NERSC machines? I know that ZeroMQ isn't strictly necessary, but I'd like to be able to use the notebooks. </div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">My complete yt_install.log is <a href="https://www.dropbox.com/s/pmdq3a9vfrbtwj9/yt_install.log" target="_blank">here</a>.</div>

<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Andrew </div></div>
</blockquote></div></div>