<div dir="ltr"><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Dear YT developers, </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
I'm having a slight yt parallelism issue on one cluster at UCSC, "Laozi".  I just installed a fresh version of yt-3.0 on this machine. </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I'm pasting the full info below, but I will note that this is similar to an issue reported on the list: <a href="http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/2012-October/003016.html" target="_blank">http://lists.spacepope.org/pipermail/yt-users-spacepope.org/2012-October/003016.html</a></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">There was no published resolution on the list to this issue at that date. Have others seen this behavior since? If so, how should I proceed on this machine? The code below is a minimal example. In general, I would like to implement code similar to the examples here: <a href="http://yt-project.org/doc/advanced/parallel_computation.html">http://yt-project.org/doc/advanced/parallel_computation.html</a> using parallel_objects. The simple scripts I am trying to run proceed without warning or error on the other machines I have access to (Mac laptop, and ucsc cluster "hyades"). The error message mentions that the warning may be disabled. Is this the recommended setting for the cluster? </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks for your advice. </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Morgan</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">If I try to run this script:</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>from yt.config import ytcfg</div><div>from yt.pmods import *</div><div><br></div><div>print range(10)</div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
I get this error output (related to the pmods import):</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div>(yt-x86_64)[morgan@laozi ytpar]$ mpirun -np 1 python test.py --parallel</div>
<div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>WARNING: There are more than one active ports on host '<a href="http://laozi.ucsc.edu/" target="_blank">laozi.ucsc.edu</a>', but the</div>
<div>default subnet GID prefix was detected on more than one of these</div><div>ports.  If these ports are connected to different physical IB</div><div>networks, this configuration will fail in Open MPI.  This version of</div>
<div>Open MPI requires that every physically separate IB subnet that is</div><div>used between connected MPI processes must have different subnet ID</div><div>values.</div><div><br></div><div>Please see this FAQ entry for more details:</div>
<div><br></div><div>  <a href="http://www.open-mpi.org/faq/?category=openfabrics#ofa-default-subnet-gid" target="_blank">http://www.open-mpi.org/faq/?category=openfabrics#ofa-default-subnet-gid</a></div><div><br></div><div>
NOTE: You can turn off this warning by setting the MCA parameter</div><div>      btl_openib_warn_default_gid_prefix to 0.</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>Beginning parallel import block.</div>
<div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>An MPI process has executed an operation involving a call to the</div><div>"fork()" system call to create a child process.  Open MPI is currently</div>
<div>operating in a condition that could result in memory corruption or</div><div>other system errors; your MPI job may hang, crash, or produce silent</div><div>data corruption.  The use of fork() (or system() or other calls that</div>
<div>create child processes) is strongly discouraged.  </div><div><br></div><div>The process that invoked fork was:</div><div><br></div><div>  Local host:          <a href="http://laozi.ucsc.edu/" target="_blank">laozi.ucsc.edu</a> (PID 31958)</div>
<div>  MPI_COMM_WORLD rank: 0</div><div><br></div><div>If you are *absolutely sure* that your application will successfully</div><div>and correctly survive a call to fork(), you may disable this warning</div><div>by setting the mpi_warn_on_fork MCA parameter to 0.</div>
<div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "test.py", line 7, in <module></div><div>    from yt.pmods import *</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 364, in <module></div><div>    from yt.mods import *</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 235, in __import_hook__</div>
<div>    m = __load_tail__(q, tail)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 339, in __load_tail__</div><div>    m = __import_module__(head, mname, m)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 279, in __import_module__</div>
<div>    m = imp.load_module(fqname, fp, pathname, stuff)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/mods.py", line 142, in <module></div><div>    from yt.visualization.api import \</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 235, in __import_hook__</div><div>    m = __load_tail__(q, tail)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 339, in __load_tail__</div>
<div>    m = __import_module__(head, mname, m)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 279, in __import_module__</div><div>    m = imp.load_module(fqname, fp, pathname, stuff)</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/api.py", line 31, in <module></div><div>    from color_maps import \</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 234, in __import_hook__</div>
<div>    q, tail = __find_head_package__(parent, name)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 323, in __find_head_package__</div><div>    q = __import_module__(head, qname, parent)</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 279, in __import_module__</div><div>    m = imp.load_module(fqname, fp, pathname, stuff)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/color_maps.py", line 26, in <module></div>
<div>    import matplotlib</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 234, in __import_hook__</div><div>    q, tail = __find_head_package__(parent, name)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 328, in __find_head_package__</div>
<div>    q = __import_module__(head, qname, parent)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 279, in __import_module__</div><div>    m = imp.load_module(fqname, fp, pathname, stuff)</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-1.3.0-py2.7-linux-x86_64.egg/matplotlib/__init__.py", line 130, in <module></div><div>    from matplotlib.compat import subprocess</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 239, in __import_hook__</div><div>    __ensure_fromlist__(m, fromlist)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 357, in __ensure_fromlist__</div>
<div>    submod = __import_module__(sub, subname, m)</div><div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/pmods.py", line 279, in __import_module__</div><div>    m = imp.load_module(fqname, fp, pathname, stuff)</div>
<div>  File "/share/work1/morgan/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-1.3.0-py2.7-linux-x86_64.egg/matplotlib/compat/subprocess.py", line 79, in <module></div><div>    CalledProcessError = subprocess.CalledProcessError</div>
<div>AttributeError: 'module' object has no attribute 'CalledProcessError'</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process</div>
<div>that caused that situation.</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>(yt-x86_64)[morgan@laozi ytpar]$ </div></div></div>