<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Nathan,<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">You were exactly right. It was which mpicc mpi4py was built with.<br>
Thanks very much for the prompt response!<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best,<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Semyeong<br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 26, 2013 at 7:38 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathan12343@gmail.com" target="_blank">nathan12343@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Semyeong,<div><br></div><div>With the MPT module loaded, can you successfully import mpi4py?  yt uses mpi4py in the background to handle MPI communication.  If you have openmpi and MPT on the same system, it may be that you installed mpi4py using openmpi rather than MPT.  When yt tries to import mpi4py, that fails since openmpi is not available.</div>


<div><br></div><div>Of course if there is only MPT available on your system, my guess is probably incorrect.</div><div><br></div><div>Running the script I've pasted below should expose any issues with mpi4py:</div><div>


<br></div><div><div>from mpi4py import MPI</div><div>import sys</div><div><br></div><div>size = MPI.COMM_WORLD.Get_size()</div><div>rank = MPI.COMM_WORLD.Get_rank()</div><div>name = MPI.Get_processor_name()</div><div><br>


</div><div>sys.stdout.write(“Helloworld! I am process %d of %d on %s.\n” % (rank, size, name))</div></div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Nathan</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
<div><div class="h5">

On Thu, Sep 26, 2013 at 4:32 PM, Semyeong Oh <span dir="ltr"><<a href="mailto:semyeong.oh@gmail.com" target="_blank">semyeong.oh@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div><div class="h5">

<div dir="ltr"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi all,<br><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I want to divide ENZO simulation into certain regions, do some operation and save some files in parallel. I used parallel_objects for this.<br>



<br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">If I use openMPI and do<br>$mpirun -np 6 python script.py --parallel<br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">


it works fine.<br><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">But if I use MPT(a variety of MPICH, I think) and run the exact same command,<br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">


it ignores --parallel and just does things in serial.<br><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Is this expected? I'm new to parallel computation, and kind of stuck here.<br>


</div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks for your help.<br><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best regards,<br>Semyeong<br></div>


<div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>