<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>I tried to remove the HG flag and reinstall but I get the following:</div><div><br></div><div><div>Awesome!  Here we go.</div><div><br></div><div>Using wget</div><div>Using sha512sum</div>
<div>Downloading xray_emissivity.h5 from <a href="http://yt-project.org">yt-project.org</a></div><div>Cannot find mercurial.  Please set INST_HG=1.</div><div>********************************************</div><div>        FAILURE REPORT:</div>
<div>********************************************</div><div><br></div><div><br></div><div>For information on other options, you may wish to consult the</div><div>documentation at:</div><div><br></div><div>  <a href="http://packages.python.org/distribute/easy_install.html">http://packages.python.org/distribute/easy_install.html</a></div>
<div><br></div><div>Please make the appropriate changes for your system and try again.</div><div><br></div><div>Something went wrong during the installation.</div><div>See the error message above.</div><div><br></div><div>
********************************************</div><div>********************************************</div><div>Failure.  Check /n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/yt_install.log.</div></div><div><br></div><div><br></div>
<div>So I thought I could just load the cluster's Mercurial which I did and I got the following:</div><div><br></div><div><br></div><div><div>Awesome!  Here we go.</div><div><br></div><div>Using wget</div><div>Using sha512sum</div>
<div>Downloading xray_emissivity.h5 from <a href="http://yt-project.org">yt-project.org</a></div><div>Setting YT_DIR=/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/src/yt-hg/</div><div>Installing distribute</div><div>********************************************</div>
<div>        FAILURE REPORT:</div><div>********************************************</div><div><br></div><div><br></div><div>For information on other options, you may wish to consult the</div><div>documentation at:</div><div>
<br></div><div>  <a href="http://packages.python.org/distribute/easy_install.html">http://packages.python.org/distribute/easy_install.html</a></div><div><br></div><div>Please make the appropriate changes for your system and try again.</div>
<div><br></div><div>Something went wrong during the installation.</div><div>See the error message above.</div><div><br></div><div>********************************************</div><div>********************************************</div>
<div>Failure.  Check /n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/yt_install.log.  The last 10 lines are above.</div></div><div><br></div><div>I know how busy you are and how tedious this must be so I appreciate your help. :)</div>
<div><br></div><div>Brendan</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 4, 2013 at 8:13 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Brendan,<br>
<br>
Sorry you're having trouble!  My guess is that there is some issue<br>
with the way Python and hg are being compiled; it almost looks to me<br>
like one was compiled without relocatable symbols, which is odd as I<br>
thought Python did not do that by default.<br>
<br>
You can use the system hg by turning INST_HG to 0 in the<br>
install_script.  This will likely result in not being able to execute<br>
"yt update" but that can be worked around.<br>
<br>
Let me know if that works,<br>
<br>
Matt<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Sep 3, 2013 at 6:44 PM, Brendan Griffen<br>
<<a href="mailto:brendan.f.griffen@gmail.com">brendan.f.griffen@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I am doing a fresh install so I downloaded the install_script.sh and did the<br>
> usual bash install_script.sh<br>
><br>
> I got this error though:<br>
><br>
> ....<br>
> INST_ZLIB       = 1 so I will  be installing zlib<br>
> INST_BZLIB      = 1 so I will  be installing bzlib<br>
> INST_PNG        = 1 so I will  be installing libpng<br>
> INST_FTYPE      = 1 so I will  be installing freetype2<br>
> INST_SQLITE3    = 1 so I will  be installing SQLite3<br>
> INST_HG         = 1 so I will  be installing Mercurial<br>
> INST_ENZO       = 0 so I won't be checking out Enzo<br>
> INST_PYX        = 0 so I won't be installing PyX<br>
> INST_SCIPY      = 1 so I will  be installing scipy<br>
> INST_0MQ        = 1 so I will  be installing ZeroMQ<br>
> INST_ROCKSTAR   = 1 so I will  be installing Rockstar<br>
> ....<br>
><br>
> Downloading xray_emissivity.h5 from <a href="http://yt-project.org" target="_blank">yt-project.org</a><br>
> Installing mercurial-2.7<br>
> ********************************************<br>
>         FAILURE REPORT:<br>
> ********************************************<br>
><br>
> running build<br>
> running build_mo<br>
> running build_ext<br>
> building 'mercurial.base85' extension<br>
> gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall<br>
> -Wstrict-prototypes -fPIC -I/n/sw/python-2.7.1/include/python2.7 -c<br>
> mercurial/base85.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/mercurial/base85.o<br>
> gcc -pthread -shared -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib64/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib64/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib64/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib/<br>
> -L/n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib64/<br>
> build/temp.linux-x86_64-2.7/mercurial/base85.o -L. -lpython2.7 -o<br>
> build/lib.linux-x86_64-2.7/mercurial/base85.so<br>
> /usr/bin/ld:<br>
> /n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib//libpython2.7.a(exceptions.o):<br>
> relocation R_X86_64_32 against `_Py_NoneStruct' can not be used when making<br>
> a shared object; recompile with -fPIC<br>
> /n/home01/bgriffen/data/lib/yt-x86_64/lib//libpython2.7.a: could not read<br>
> symbols: Bad value<br>
> collect2: ld returned 1 exit status<br>
> error: command 'gcc' failed with exit status 1<br>
><br>
> ********************************************<br>
> ********************************************<br>
><br>
> Can anyone suggest a work-around? Thanks.<br>
><br>
> The cluster I'm on also has mecurial installed and I can load that module if<br>
> needs be. I'm not sure if it is critical to getting yt working. Thanks.<br>
><br>
> Brendan<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>