Hi yt users,<div><br></div><div>I have a (hopefully) simple question I'm hoping to get cleared up.</div><div>I've run into the same error both in clump finding and volume rendering:</div><div><div>AttributeError: 'list' object has no attribute 'astype'.</div>
</div><div><br></div><div>My volume rendering script:</div><div>----------------------</div><div><div>from yt.mods import *</div><div>pf = load("plt_derr_perr_grav_00020")</div><div>field = "pressure"</div>
</div><div><div>pf.h</div><div><br></div><div>#color transfer function/layer creation I'll leave out for clarity</div><div><br></div><div><div>c = [5.0e9, 5.0e9, 5.0e9]</div><div>L = [0.15, 1.0, 0.20]</div><div>W = (pf.domain_right_edge - pf.domain_left_edge)*0.5</div>
<div>Nvec = 768</div><div><br></div><div>cam = pf.h.camera(c, L, W, (Nvec,Nvec), transfer_function = tf, fields=[field], pf=pf, no_ghost=False)</div><div><br></div><div>im = cam.snapshot(clip_ratio=6.0)</div></div></div><div>
<br></div><div>...</div><div>----------------------</div><div><br></div><div>Without "no_ghost=False", the script runs as it's supposed to. If it's included, I get the following message:</div><div><br></div>
<div><div>  File "<stdin>", line 1, in <module></div><div>  File "volume.py", line 17, in <module></div><div>    cam.snapshot("v1.png")</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/volume_rendering/camera.py", line 684, in snapshot</div>
<div>    self.initialize_source()</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/volume_rendering/camera.py", line 636, in initialize_source</div><div>    return self.volume.initialize_source()</div>
<div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/amr_kdtree/amr_kdtree.py", line 200, in initialize_source</div><div>    for b in self.traverse():</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/amr_kdtree/amr_kdtree.py", line 210, in traverse</div>
<div>    yield self.get_brick_data(node)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/amr_kdtree/amr_kdtree.py", line 284, in get_brick_data</div><div>    vcd = grid.get_vertex_centered_data(field,smoothed=True,no_ghost=self.no_ghost).astype('float64')</div>
<div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/grid_patch.py", line 510, in get_vertex_centered_data</div><div>    cg = self.retrieve_ghost_zones(1, field, smoothed=smoothed)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/grid_patch.py", line 477, in retrieve_ghost_zones</div>
<div>    level, new_left_edge, **kwargs)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py", line 3867, in __init__</div><div>    self.pf.domain_dimensions.astype("float64"))</div>
<div>AttributeError: 'list' object has no attribute 'astype'</div></div><div><br></div><div><br></div><div>My clump-finding script closely follows the "Identifying Clumps" recipe in the cookbook:</div>
<div>----------------------</div><div><div>from yt.mods import *</div><div>from yt.analysis_modules.level_sets.api import *</div><div><br></div><div>field = "density"</div><div>step = 2.0</div><div><br></div><div>
pf = load("plt_derr_perr_grav_00020")</div><div>pf.h</div></div><div><br></div><div><div>data_source = pf.h.all_data()</div></div><div><div>c_min = 10**na.floor(na.log10(data_source[field]).min()  )</div><div>c_max = 10**na.floor(na.log10(data_source[field]).max()+1)</div>
</div><div><br></div><div><div>function = 'self.data[\'%s\'].size > 8' %field</div></div><div><br></div><div><div>master_clump = Clump(data_source, None, field, function=function)</div></div><div><div>find_clumps(master_clump, c_min, c_max, step)</div>
</div><div><br></div><div>...</div><div>----------------------</div><div>An error will occur occur at find_clumps:</div><div><br></div><div><div>Finding clumps: min: 1.500000e-04, max: 1.500000e+07, step: 2.000000</div><div>
First pass100% |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Time: 00:00:00 </div><div>Traceback (most recent call last):                                          | ETA:  --:--:-- </div>
<div>  File "<stdin>", line 1, in <module></div><div>  File "clumps.py", line 30, in <module></div><div>    find_clumps(master_clump, c_min, c_max, step)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py", line 179, in find_clumps</div>
<div>    clump.find_children(min_val)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py", line 120, in find_children</div><div>    self.cached_fields)</div>
<div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/contour_finder.py", line 107, in identify_contours</div><div>    cg = grid.retrieve_ghost_zones(1, "tempContours", smoothed=False)</div>
<div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/grid_patch.py", line 479, in retrieve_ghost_zones</div><div>    cube = self.hierarchy.covering_grid(level, new_left_edge, **kwargs)</div><div>  File "/home/noel/shocks/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py", line 3706, in __init__</div>
<div>    self.dds = self.pf.domain_width/rdx.astype("float64")</div><div>AttributeError: 'list' object has no attribute 'astype'</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Can anyone tell me why I am getting this error in both cases? I've been doing my utmost, but I'm not familiar enough with python nor yt yet.Thanks for your help!</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Noel Scudder</div>