<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Matt, <br><br></div>Yes first thing I did was source the activation script (prefix yt env shown below). <br>yt help throws up similar errors:<br><br>(yt-x86_64)jr347@universe:~/2013/Stats/Halo1/DMonly/Enzo_Analysis/YT> yt help<br>
Traceback (most recent call last):<br>  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/bin/yt", line 9, in <module><br>    load_entry_point('yt==2.5.3', 'console_scripts', 'yt')()<br>
  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/distribute-0.6.32-py2.7.egg/pkg_resources.py", line 337, in load_entry_point<br>    return get_distribution(dist).load_entry_point(group, name)<br>
  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/distribute-0.6.32-py2.7.egg/pkg_resources.py", line 2311, in load_entry_point<br>    return ep.load()<br>  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/distribute-0.6.32-py2.7.egg/pkg_resources.py", line 2017, in load<br>
    entry = __import__(self.module_name, globals(),globals(), ['__name__'])<br>  File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/command_line.py", line 29, in <module><br>    from yt.mods import *<br>
  File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/mods.py", line 129, in <module><br>    from yt.visualization.api import \<br>  File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/api.py", line 34, in <module><br>
    from plot_collection import \<br>  File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/plot_collection.py", line 26, in <module><br>    from matplotlib import figure<br>  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/figure.py", line 32, in <module><br>
    from matplotlib.image import FigureImage<br>  File "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/image.py", line 22, in <module><br>    import matplotlib._png as _png<br>
ImportError: /home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/_png.so: undefined symbol: png_set_longjmp_fn<br><br></div>Cheers,<br></div>John<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On 4 June 2013 17:19, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi John,<br>
<br>
Sorry to hear you're having trouble!  When you first tried running,<br>
did you source the environment file that yt creates?  I believe for<br>
your environment it would be something like this:<br>
<br>
source /home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/bin/activate<br>
<br>
which would set the various environment variables and so on.  Then you<br>
can try doing something simple like "yt help" to see if it will import<br>
correctly.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
-Matt<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Jun 4, 2013 at 12:10 PM, John Regan <<a href="mailto:johnanthonyregan@gmail.com">johnanthonyregan@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I just installed YT and it's failing at the very start.<br>
><br>
> Python 2.7.4 (default, Jun  4 2013, 11:02:31)<br>
> [GCC 4.3.4 [gcc-4_3-branch revision 152973]] on linux2<br>
> Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br>
>>>> from yt.mods import *<br>
> Traceback (most recent call last):<br>
>   File "<stdin>", line 1, in <module><br>
>   File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/mods.py", line 60,<br>
> in <module><br>
>     from yt.data_objects.api import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/api.py",<br>
> line 31, in <module><br>
>     from grid_patch import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/grid_patch.py",<br>
> line 35, in <module><br>
>     from yt.data_objects.data_containers import YTFieldData<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
> line 45, in <module><br>
>     from yt.data_objects.derived_quantities import GridChildMaskWrapper<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/data_objects/derived_quantities.py",<br>
> line 36, in <module><br>
>     from yt.utilities.parallel_tools.parallel_analysis_interface import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/parallel_tools/parallel_analysis_interface.py",<br>
> line 39, in <module><br>
>     from yt.utilities.lib import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/utilities/lib/__init__.py",<br>
> line 35, in <module><br>
>     from .png_writer import *<br>
> ImportError: libpng16.so.16: cannot open shared object file: No such file or<br>
> directory<br>
>>>><br>
><br>
> Adding the path to the libpng16.so.16 library gets me to here (it also seems<br>
> strange that the .so file was not already in the LD_LIBRARY_PATH - is there<br>
> a hint in there somewhere?):<br>
><br>
> Python 2.7.4 (default, Jun  4 2013, 11:02:31)<br>
> [GCC 4.3.4 [gcc-4_3-branch revision 152973]] on linux2<br>
> Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.<br>
>>>> from yt.mods import *<br>
> Traceback (most recent call last):<br>
>   File "<stdin>", line 1, in <module><br>
>   File "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/mods.py", line<br>
> 129, in <module><br>
>     from yt.visualization.api import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/api.py",<br>
> line 34, in <module><br>
>     from plot_collection import \<br>
>   File<br>
> "/nfs/scratch/jr347/2013/YT/yt-x86_64/src/yt-hg/yt/visualization/plot_collection.py",<br>
> line 26, in <module><br>
>     from matplotlib import figure<br>
>   File<br>
> "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/figure.py",<br>
> line 32, in <module><br>
>     from matplotlib.image import FigureImage<br>
>   File<br>
> "/home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/image.py",<br>
> line 22, in <module><br>
>     import matplotlib._png as _png<br>
> ImportError:<br>
> /home/cosmos/users/jr347/2013/YT/yt-x86_64/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/_png.so:<br>
> undefined symbol: png_set_longjmp_fn<br>
><br>
><br>
> Anybody come across this kind of error before.<br>
> The code is built on a shared memory machine, using gcc. icc is actually the<br>
> default compiler but the YT script seems to pick up gcc by default and it<br>
> builds (it doesn't build at all with icc).<br>
><br>
> Install script attached in case it's helpful.<br>
><br>
> Let me know if you need anymore info. Thanks in advance!<br>
><br>
> John<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>