<div dir="ltr">Hi Renyue, John,<div><br></div><div style>Yeah, so that seems like it is the problem.  If you update to the latest yt your original scripts should work without any transpose=False flags.  </div><div style><br>

</div><div style>Glad to hear the kdtree provided a speedup.  I think it is primarily the le= and re= flags that help out.  There are even more enhancements coming soon!</div><div style><br></div><div style>Best,</div><div style>

<br></div><div style>Sam</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 8, 2013 at 9:20 AM, John Wise <span dir="ltr"><<a href="mailto:jwise@physics.gatech.edu" target="_blank">jwise@physics.gatech.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Renyue,<br>
<br>
That's great news.  If it's okay with you, I'll update yt to the latest version on pleiades, and you can test whether you get the same results after the update.<br>
<br>
Thanks,<br>
John<div class="im"><br>
<br>
On 01/08/2013 12:08 PM, Renyue Cen wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi Sam,<br>
<br>
your transpose fix DOES change things and it indeed may working now.<br>
Here is the first images I got for comparison.<br>
I am going to make a few more pictures to see if things are all good.<br>
Thanks very much,<br></div><div class="im">
Best,<br>
Renyue<br>
<br>
On Jan 8, 2013, at 11:25 AM, Sam Skillman wrote:<br>
<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi Renyue,<br>
<br>
I have actually seen this on one other system but I could never<br>
reproduce it. Could you tell me the version of yt you are using? If<br>
you run "yt instinfo" it should tell you. I haven't seen this bug for<br>
the last few months so I thought it was gone.<br>
<br>
Additionally, can you try the following at the end of your script:<br>
<br>
im=cam.snapshot('test1.png')<br>
<br>
write_bitmap(im, 'test2.png', transpose=False)<br>
<br>
I think there may have been something wrong with the transposing of<br>
the image for a short time period a few months ago.  I have very<br>
sporadic and unreliable internet at AAS but I'll try to respond as<br>
quickly as possible.<br>
<br>
Sorry for the trouble,<br>
<br>
Sam<br>
<br>
<br>
On Jan 7, 2013 10:11 AM, "Renyue Cen" <<a href="mailto:cen@astro.princeton.edu" target="_blank">cen@astro.princeton.edu</a><br></div><div class="im">
<mailto:<a href="mailto:cen@astro.princeton.edu" target="_blank">cen@astro.princeton.<u></u>edu</a>>> wrote:<br>
<br>
    Hi,<br>
<br>
    I did some simple volume rendering with the following script:<br>
<br>
        volume2 = AMRKDTree(pf, fields=["Dark_Matter_Density"]<u></u>,<br>
                    no_ghost=False, tree_type="domain",<br>
                    le=c-0.5*WW, re=c+0.5*WW)<br>
        cam = pf.h.camera(c, L, W, N, tf, volume=volume2, no_ghost=False,<br>
                    north_vector=L, steady_north=True)<br>
        cam.snapshot(fn="%s_iso-<u></u>DMdensity-%3.3d.png" % (filenameTHIS, j))<br>
<br>
<br>
    I got rather strange results in that the pictures look symmetric,<br>
    which I am pretty<br>
    sure can not be true.<br>
    I attach the obtained plot.<br>
    Note that I am using KD tree and using 32 cores.<br>
<br>
    Your help at your earliest convenience is appreciated.<br>
    Best,<br>
    Renyue<br>
<br>
<br>
    <C15z1600.0043_iso-DMdensity-<u></u>000.png><br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
</blockquote><div class="im">
<br>
-- <br>
John Wise<br>
Assistant Professor of Physics<br>
Center for Relativistic Astrophysics, Georgia Tech<br></div>
______________________________<u></u>_________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<u></u>listinfo.cgi/yt-users-<u></u>spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>