<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Stephanie,<div><br></div><div>Just want to make sure that you're using the latest version of the yt development tree--it contains some important Athena fixes that were put in a few weeks back.</div><div><br></div><div>If so, then we'll work from there to figure out what's gone wrong. </div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>John</div><div><br></div><div><div><div>On Dec 17, 2012, at 5:44 PM, Stephanie Tonnesen <<a href="mailto:stonnes@gmail.com">stonnes@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi yt-users,<br><br>I am trying to make phase_objects of Athena data.  I am able to make phase_objects if I use the "expected" set of variables (will show below), but kill my kernel or am kicked out of python if I try and use an "unknown field" read in from a set of vtk files.  <br>

from yt.mods import * pf = load("id0/rps.0080.vtk") <pre>yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,678 Temporarily setting domain_right_edge = -domain_left_edge. This will be corrected automatically if it is not the case.

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,974 Parameters: current_time              = 40.00096

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,974 Parameters: domain_dimensions         = [1048 1048  655]

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,975 Parameters: domain_left_edge          = [-3.2 -3.2 -2. ]

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,976 Parameters: domain_right_edge         = [ 3.2  3.2  2. ]

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:08,977 Parameters: cosmological_simulation   = 0.0

yt : [INFO     ] 2012-12-13 23:27:13,214 Adding unknown field specific_scalar[0] to list of fields<br><br></pre>pf.h.field_list<br><br><pre>['density',

 'pressure',

 'velocity_z',

 'velocity_x',

 'velocity_y',

 'specific_scalar[0]']<br></pre>alld = pf.h.all_data()<br>tracerp25 = alld.cut_region(["grid['specific_scalar[0]'] > 0.25", "grid['z'] > 0.01"])<br><br>##These commands works:<br>

<pre><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">radmean = tracerp25.quantities["WeightedAverageQuantity"]("Radius","Ones")

pc = PlotCollectionInteractive(pf)<br><br>pc.add_phase_object(alld,["z","velocity_z","CellMass"],weight=None)<br><br>#The calls below fail.  There is no error message.  If I am in iPython,

#the kernel dies.  If I am running on a computer, it freezes and

#eventually I just get the message

#Killed

pc.add_phase_object(alld,["z","specific_scalar[0]","CellMass"],weight=None)

pc.add_phase_object(tracerp25,["z","velocity_z","CellMass"],weight=None)

#If I read in a single vtk file ("id122/rps-id122.0080.vtk") the above

#commands work</span></pre>Any help would be much appreciated!  Thanks,<br><br>Stephanie<br>

_______________________________________________<br>yt-users mailing list<br><a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org<br></blockquote></div><br></div></body></html>