Hi Alice,<div><br></div><div>I have two questions --</div><div><br></div><div>1) Is your simulation being evolved with periodic boundary conditions?</div><div>2) Did you allow yt to choose the point of peak density as the center of the PlotCollection?</div>

<div><br></div><div>If the answer to these are no and yes (in order) then I think what's happening is that the center of the PlotCollection is off, and yt is applying periodicity, which shows up as what you're seeing.  Can you try:</div>

<div><br></div><div>pc = PlotCollection(pf, 'c')</div><div>pc.add_slice("eint", 0)</div><div>pc.save()</div><div><br></div><div>I think this might just be a trick of how it's centering the data.</div>

<div><br></div><div>-Matt</div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 23, 2012 at 10:53 AM, Alice Coucke <span dir="ltr"><<a href="mailto:acoucke@amnh.org" target="_blank">acoucke@amnh.org</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Good morning,
<div><br>
</div>
<div>I am currently working on visualization from Flash Data. I am using Slices of the internal energy along the x-axis. I have a weird line at the top of the slice (see attachment). That looks like a periodic boundary conditions problem.</div>


<div><br>
</div>
<div>The thing is, I don't know whether it is a problem in my code or that I am using yt wrong. I feel like is a plot problem, I looked at the data with another visualization tool (Visit) and it doesn't seem to have this line ...</div>


<div><br>
</div>
<div>Thank you for your help and have a great day,</div>
<div><br>
</div>
<div>Alice</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img height="52" width="150"></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>