Ah, I see.<div><br></div><div>Here are the results of running "yt instinfo":</div><div><br></div><div><div><br></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">yt module located at:</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">    /share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">Not trusting file /share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/.hg/hgrc from untrusted user tg458377, group G-801008</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">The current version of the code is:</font></div><div>
<font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">---</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">27ac9de7256c (yt) tip</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">---</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">This installation CAN be automatically updated.</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">Updated successfully.</font></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Nick</div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 12, 2011 at 4:00 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Nick,<br>
<br>
This relatively obscure error looks to be the result of yt not<br>
understanding how to convert GasEnergy to ergs/g.  Which version of yt<br>
are you using?  Can you run "yt instinfo" to get that information out?<br>
 The diagnosis Britton and Stephen requested lets me know that the<br>
field it's trying to find, GasEnergy, does not exist.  With later<br>
versions of yt we have added translation functions to attempt to work<br>
around conflicted names (for instance "Gas_Energy" and "GasEnergy"<br>
have both been seen in Enzo.)<br>
<br>
-Matt<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, Dec 12, 2011 at 2:00 PM, Nicholas Earl <<a href="mailto:earlnich@msu.edu">earlnich@msu.edu</a>> wrote:<br>
> Hey yt users,<br>
><br>
> I am getting some weird exiting happening with the clump finder and Ranger,<br>
> and I was wondering if anyone else has experienced the issue, or know what I<br>
> might be doing wrong? I see that it gets to a point where the min and max<br>
> densities are the same, but I didn't think it would cause the script to<br>
> crash...<br>
><br>
> Here is what I'm getting:<br>
><br>
>> Finding clumps: min: 1.000000e-22, max: 1.000000e-21, step: 10.000000<br>
>> Wiping out existing children clumps.<br>
>> Joining...<br>
>> Finished joining in 1.06e+00 seconds<br>
>> Investigating 2 children.<br>
>> Finding clumps: min: 1.000000e-21, max: 1.000000e-21, step: 10.000000<br>
>> Traceback (most recent call last):<br>
>>   File<br>
>> "/scratch/01198/earln/run_files/clump_analysis/find_clumps_plot.py", line<br>
>> 69, in <module><br>
>>     amods.level_sets.find_clumps(master_clump, c_min, c_max, step)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py",<br>
>> line 179, in find_clumps<br>
>>     find_clumps(clump, min_val*d_clump, max_val, d_clump)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py",<br>
>> line 188, in find_clumps<br>
>>     elif (child._isValid()):<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/analysis_modules/level_sets/clump_handling.py",<br>
>> line 143, in _isValid<br>
>>     self.function_value = eval(self.function)<br>
>>   File "<string>", line 1, in <module><br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/derived_quantities.py",<br>
>> line 93, in __call__<br>
>>     return self._call_func_unlazy(args, kwargs)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/derived_quantities.py",<br>
>> line 116, in _call_func_unlazy<br>
>>     retval = self.func(self._data_source, *args, **kwargs)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/derived_quantities.py",<br>
>> line 320, in _IsBound<br>
>>     thermal = (data["ThermalEnergy"] * data["CellMass"]).sum()<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 286, in __getitem__<br>
>>     self.get_data(key)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 2277, in get_data<br>
>>     if self._generate_field(field):<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 2347, in _generate_field<br>
>>     self[field] = self.pf.field_info[field](self)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/field_info_container.py",<br>
>> line 309, in __call__<br>
>>     dd = self._function(self, data)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/frontends/enzo/fields.py",<br>
>> line 131, in _ThermalEnergy<br>
>>     return data["GasEnergy"]<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 286, in __getitem__<br>
>>     self.get_data(key)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 2277, in get_data<br>
>>     if self._generate_field(field):<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/data_containers.py",<br>
>> line 2347, in _generate_field<br>
>>     self[field] = self.pf.field_info[field](self)<br>
>>   File<br>
>> "/share/home/00688/tg458377/local/src/yt-hg/yt/data_objects/field_info_container.py",<br>
>> line 310, in __call__<br>
>>     dd *= self._convert_function(data)<br>
>> TypeError: unsupported operand type(s) for *=: 'NoneType' and 'float'<br>
>> TACC: Cleaning up after job: 2259004<br>
>> TACC: Done.<br>
><br>
><br>
> I've also attempted lowering the step size to 5.0, but with the same result.<br>
> It also seems to be the case that I do not get this behavior when I use<br>
> function=True parameter, but I kept keeping jobs that would never end, they<br>
> would just be outputting Getting field Density from 1 the entire time. So<br>
> I've had to rerun the clump finder a few times, putting in some minimum<br>
> conditions, and still it'd happen.<br>
><br>
> Any ideas?<br>
><br>
> Thanks!<br>
> Nick<br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>