Hello Matthew,<br><br>Thank you for your answer.<br><br>Can YT work in parallel? <br>I intend to embed a python interpreter within my simulation in order to allow<br>some simple data analysis to be performed without having to re-compile the<br>
application every time this analysis changes, so maybe it would be possible<br>to call YT from an embedded python interpreter? I guess the problem is<br>transferring raw data from the simulation to the interpreter without too much<br>
overhead...<br><br>My output is actually very simple, consisting in 2D arrays, each MPI rank<br>being responsible for several chunks (equally sized, but not necessarily <br>contiguous). I would like to avoid writing these 2D arrays into HDF5 file<br>
and perform visualization on these files, but automatically make the processes<br>synchronize to compute a single image from all these parts.<br><br>Do you think it is worth investigating the use of YT for that or should I try other<br>
softwares?<br>Thanks<br><br>Matthieu<br><br><div class="gmail_quote">2011/10/5 Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi Matthieu,<br>
<br>
The short answer is that for some codes, yes, yt works as an embedding<br>
system.  The only code that this has been used extensively in is Enzo,<br>
and it will likely take a bit of work to get it to work.  We're eager<br>
to test it out on other codes, however; the first and easiest<br>
application would be a non-Enzo, patch-based AMR code.<br>
<br>
The current state is:<br>
<br>
 * In-memory between Enzo and yt works (Britton Smith can speak more to this)<br>
 * Creation of arbitrary sources (using the Stream frontend) currently<br>
works, which can be used from within any Python code<br>
 * No protocol exists (yet) for MPI inter-communicator data loading<br>
<br>
Our strategies for the future:<br>
<br>
 * We're working to create simple C libraries that can create the<br>
necessary in-memory data objects to link against yt directly<br>
 * The Stream frontend is usable and should be used by non-Enzo codes<br>
as a prototyping mechanism<br>
 * ParaView can call yt for serial calculations, and we are working to<br>
utilize its CoProcessing facilities to analyze and visualize in<br>
parallel from running simulations<br>
<br>
So I think you should be able to add a code to in situ viz/analysis,<br>
but it will likely take a bit of work at the current time to make sure<br>
everything correctly passes.  I'd be able to help you and send you<br>
demo code if you would like.  Alternately, we intend to instrument yt<br>
to use ParaView as a data loader, which will enable the CoProcessing<br>
techniques from ParaView to be used as well.<br>
<br>
Let me know what you think,<br>
<br>
Matt<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Tue, Oct 4, 2011 at 1:28 PM, Matthieu Dorier<br>
<<a href="mailto:matthieu.dorier@gmail.com">matthieu.dorier@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
><br>
> I'm trying to make in-situ visualization available for a simulation,<br>
> and I'm considering different softwares for that (VisIt, YT,...).<br>
> I've never used YT, so my question is: is it possible to add<br>
> some code in a simulation (written in C++) to have some kind of<br>
> distributed rendering engine using YT, just like VisIt does with<br>
> code-instrumentation?<br>
> Thanks,<br>
><br>
> Matthieu<br>
><br>
> --<br>
> Matthieu Dorier<br>
> ENS Cachan, antenne de Bretagne<br>
> Département informatique et télécommunication<br>
> <a href="http://perso.eleves.bretagne.ens-cachan.fr/%7Emdori307/wiki/" target="_blank">http://perso.eleves.bretagne.ens-cachan.fr/~mdori307/wiki/</a><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Matthieu Dorier<br>ENS Cachan, antenne de Bretagne<br>Département informatique et télécommunication<br><a href="http://perso.eleves.bretagne.ens-cachan.fr/%7Emdori307/wiki" target="_blank">http://perso.eleves.bretagne.ens-cachan.fr/~mdori307/wiki/</a><br>